رئیس سازمان امور مالیاتی کشور در نامه‌ای دستورالعمل مفاد بند (س) تبصره (۲) قانون بودجه سال ۱۴۰۱ کل کشور را ابلاغ کرد.
داود منظور در این نامه اعلام کرده است که مالیات بر ارزش‌افزوده همه کالاهایی که در قالب گواهی سپرده کالایی در بورس‌های کالایی کشور پذیرش می‌شوند، مادامی‌که در هر یک از بورس‌های کالایی مورد مبادله قرار گیرند، مشمول نرخ صفر مالیاتی است.
در این دستورالعمل آمده است: در اجرای بند (س) تبصره (۲) قانون بودجه سال ۱۴۰۱ کل کشور به‌منظور حمایت از توسعه ابزارهای مالی و همچنین تسهیل معاملات ابزارهای مبتنی بر کالا، مالیات بر ارزش‌افزوده همه کالاهایی که در قالب گواهی سپرده کالایی در بورس‌های کالایی کشور پذیرش می‌شوند، مادامی‌که در هر یک از بورس‌های کالایی مورد مبادله قرار گیرند، مشمول نرخ صفر مالیاتی هستند.
در ادامه این نامه آمده است: درصورتی‌که کالای پشتوانه گواهی سپرده ماهیتاً مشمول مالیات بر ارزش‌افزوده باشد، مالیات مذکور، فقط یک‌مرتبه و در زمان تحویل فیزیکی کالا پس از کسر اعتبار مالیاتی وصول خواهد شد و وظیفه پرداخت مالیات مذکور بر عهده تحویل‌گیرنده نهایی کالای پشتوانه گواهی سپرده کالایی است.
با توجه به هماهنگی انجام شده با سازمان بورس و اوراق بهادار، به‌منظور ایجاد وحدت رویه در چگونگی اجرای حکم مذکور برای کالاهای مشمول مالیات بر ارزش‌افزوده، مقرر می‌دارد:
۱. عرضه‌کنندگان کالا از طریق بورس‌های کالایی در قالب گواهی سپرده کالایی مکلف‌اند هم‌زمان با نخستین معامله کالا در قالب گواهی سپرده کالایی، صورتحساب فروش کالای عرضه شده شامل اقلام اطلاعاتی ازجمله ارزش کالا و مالیات و عوارض فروش (در صورت مشمول بودن) را به نام بورس‌های کالایی صادر کنند.
۲. عرضه‌کنندگان کالا و بورس‌های کالایی مکلف‌اند برای هر گواهی سپرده کالایی، صورتحسابی جداگانه صادر کنند.
۳. گواهی سپرده کالایی همه کالاهایی که در بورس‌های کالایی کشور پذیرش می‌شوند، مادامی‌که در هر یک از بورس‌های کالایی مورد مبادله قرار می‌گیرند، مشمول مالیات و عوارض ارزش‌افزوده نیستند.
۴. بورس‌های کالایی مکلف‌اند در زمان تحویل فیزیکی کالا به تحویل‌گیرنده نهایی، صورتحساب فروش کالا را بر اساس تازه‌ترین ارزش گواهی سپرده کالایی، ضمن احتساب ارزش گواهی سپرده کالایی به‌عنوان ارزش کالا و مالیات و عوارض (۱۰۹ درصد ارزش کالا) به شرح معین و مشخص صادر و ترتیبات پرداخت مابه‌التفاوت مالیات و عوارض فروش توسط خریدار را به‌حساب معرفی شده از سوی سازمان امور مالیاتی کشور فراهم کنند.
الف - درصورتی‌که مالیات و عوارض فروش محاسبه شده بیشتر از مالیات و عوارض فروش مندرج در صورتحساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی باشد، خریدار (تحویل‌گیرنده نهایی کالا) موظف است در اجرای تبصره (۱) ماده (۱۷) قانون مالیات بر ارزش‌افزوده مصوب دوم خرداد ۱۴۰۰، مالیات و عوارض ارزش‌افزوده را پس از کسر اعتبار مالیات بر ارزش‌افزوده پرداختی طبق صورتحساب عرضه‌کننده کالا به بورس‌های کالایی پرداخت و به‌حساب سازمان امور مالیاتی کشور واریز و سپس بورس‌های کالایی اجازه ترخیص کالا از انبار را صادر کنند.
در این حالت مجموع مالیات و عوارض فروش وصول شده بر اساس صورتحساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی و مابه‌التفاوت مالیات و عوارض فروش پرداختی ناشی از افزایش ارزش کالا به شرح این جز، به‌عنوان اعتبار مالیاتی / هزینه قابل‌قبول مالیاتی (حسب مورد) تحویل‌گیرنده نهایی کالا موردپذیرش سازمان امور مالیاتی کشور است.
ب- درصورتی‌که ارزش فروش گواهی سپرده کالایی نسبت به ارزش آن در زمان عرضه به بورس‌های کالایی تغییر نکرده باشد، بورس‌های کالایی مکلف به مطالبه مالیات و عوارض فروش از تحویل‌گیرنده نهایی نخواهند بود.
در این حالت، مالیات و عوارض خرید پرداخت شده بر اساس صورتحساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی به‌عنوان اعتبار مالیاتی / هزینه قابل‌قبول مالیاتی (حسب مورد) خریدار (تحویل‌گیرنده نهایی کالا)، موردپذیرش سازمان امور مالیاتی کشور است.
ج- درصورتی‌که مالیات و عوارض فروش محاسبه شده کمتر از مالیات و عوارض فروش مندرج در صورتحساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی باشد، مالیات و عوارض فروش بر اساس ارزش فروش گواهی سپرده کالایی به تحویل‌گیرنده نهایی، به‌عنوان اعتبار مالیاتی / هزینه قابل‌قبول مالیاتی (حسب مورد) تحویل‌گیرنده نهایی کالا، موردپذیرش سازمان امور مالیاتی کشور است.
۵. ازآنجایی‌که به‌منظور شفافیت مبادلات اقتصادی، بورس‌های کالایی برای معاملات موردنظر صورتحساب صادر می‌کنند، بنابراین از این بابت صرفاً کارمزد بورس‌های کالایی جز درآمد مشمول مالیات بوده و بابت مبلغ خریدوفروش موضوع این دستورالعمل مشمول مالیات بر درآمد اشخاص حقوقی و ارزش‌افزوده (به‌جز درآمد کارمزد) نیست.
تبصره: بورس‌های کالایی می‌توانند در کارپوشه اختصاصی خود در سامانه مؤدیان نسبت به ایجاد شعبه مجزا به‌منظور ثبت معاملات مربوط به کالاهای موضوع این دستورالعمل اقدام کنند. تا قبل از اجرای قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان درج عبارت در اجرای دستورالعمل شماره ۲۰۰/۱۴۰۱/۵۳۳ مورخ ۱۵ مرداد ۱۴۰۱ صورتحساب به نیابت از خریداران و فروشندگان واقعی، توسط بورس‌های کالایی صادر می‌شود، در ذیل صورت‌حساب‌های صادره بلامانع است.
۶. در اجرای ماده (۱۶۹) مکرر قانون مالیات‌های مستقیم اصلاحی مصوب ۱۳۹۴، بورس‌های کالایی موظف هستند اطلاعات مربوط به عرضه کالا در بورس‌های کالایی را که حداقل دربرگیرنده مشخصات اولین و آخرین عرضه‌کننده گواهی سپرده کالایی و تحویل‌گیرنده نهایی آن از انبار پذیرش شده بورس‌های کالایی و همچنین مشخصات کالا و ارزش و نماد آن است را به‌صورت فصلی و تا زمان اجرای قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، به‌نحوی‌که سازمان امور مالیاتی کشور تعیین می‌کند، در اختیار سازمان مزبور قرار دهند.
معافیت مالیاتی معاملات گواهی سپرده کالایی، مانع اصلی برای ورود کالاهای متنوع و رونق این بازار به شمار می‌رفت که با تحقق این موضوع، علاوه بر تعمیق معاملات کالاهای فعلی به‌زودی شاهد ورود کالاهای متنوعی در حوزه‌های صنعتی و معدنی و پتروشیمی و فرآورده‌های نفتی به معاملات گواهی سپرده کالایی خواهیم بود.