1- در ادبیات فنی برنامه‌ریزی و بودجه‌ریزی، هزینه‌های غیرضروری معنا ندارد. برنامه مجموعه و بسته‌ای به‌هم پیوسته و منسجم، شامل اهداف، سیاست‌ها و فعالیت‌های تحقق آنها و انعکاس مالی و پولی اهداف و سیاست‌ها است، بنابراین هزینه‌های غیرضروری باید تعریف شود که آیا مربوط به اهداف غیر ضروری است یا کارآیی سیاست‌های طراحی شده زیر سوال است؟ ابتدایی‌ترین نتیجه از این اظهارنظر، معیوب بودن نظام برنامه‌ریزی است.
2- چون نظام برنامه‌ریزی کامل وکارآ نیست، تفسیر به رای از سوی ارکان مختلف آن همواره وجود دارد. انتظاری بر یکسان بودن شیوه تفکر ارکان مستقل نیست و نباید هم باشد ولی اگر نظام برنامه‌ریزی، کامل و کارآ باشد تفاهم عمومی نسبت به مفاهیم برنامه به‌وجود می‌آید. در مورد تعریف ماهیت و محدوده غیرضروری در هزینه‌ها اشتراک، توافق وجود ندارد. اختلاف‌نظر در مورد ضروری یا غیرضروری بودن 5 یا 10 درصد هزینه‌ها طبیعی است ولی غیرضروری تشخیص دادن دوسوم بودجه از سوی بالاترین مقام تصویب‌کننده بودجه، حکایت از مشکلات و چالش‌های ساختاری در نظام برنامه‌ریزی دارد.
3- بودجه‌ریزی یک اقدام کاملا حرفه‌ای و تخصصی است، مبناهای ارزشی و سیاسی بر اهداف و سیاست‌های آن تاثیر دارند ولی روابط علت و معلولی (پیشینی و پسینی) اجزای آن را نمی‌توانند تغییر دهند.اگر بودجه هدف مشخص داشته باشد و نسبت به هدف تعیین‌شده هم تفاهم عمومی وجود داشته باشد، تعیین هزینه‌های تحقق اهداف بودجه، قابل تعیین و تشخیص است و اختلاف نظر نسبت به کیفیت و کمیت آن پدید نمی‌آید.
4- محصولات (اهداف) اجرای بودجه در روش فعلی بودجه‌ریزی به‌طور شفاف مشخص نمی‌شود. این امر موجب تمرکزبر مدیریت هزینه در دستگاه‌های اجرایی شده است. در برآوردها نیز اصالت به مقادیر هزینه‌ها و پیش‌بینی درآمد برای تامین مالی آنهاست، لذا تمرکز هر یک از نهادهای ذی‌نفع و ذی‌نفوذ در فرآیند برنامه‌ریزی معطوف به هزینه‌ها است. غیرضروری بودن دوسوم هزینه‌های بودجه به مفهوم غیرواقعی بودن کمیت و کیفیت درآمدهای برآورد شده است.
5- سال‌های زیادی است که اجرای روش بودجه‌ریزی عملیاتی در حال پیگیری است و سازمان برنامه و بودجه نیز تلاش فراوانی برای اجرای کامل این روش بودجه‌ریزی می‌کند. لازم است بودجه کشور بر مبنای عملیات و فعالیت‌های برنامه‌ریزی شده، در راستای اسناد برنامه‌های میان‌مدت و سند چشم‌انداز بلند مدت کشور تهیه شود و با رعایت سلسله مراتب اسناد برنامه، نگرانی از اینکه برنامه یا هزینه‌ای در مغایرت با برنامه توسعه در حال اجرا یا در تضاد با قوانین اساسی و دائمی کشور یا سند چشم‌انداز توسعه است، به‌وجود نیاید.
6-یکی از معضلات نظام برنامه‌ریزی، مداخله ارکان مختلف نظام در کارهای یکدیگر است که به حرکت توسعه‌ای کشور صدمه می‌زند. نمونه این معضل، برنامه‌نویسی مجلس شورای اسلامی است که در جایگاه در نهاد تصویب‌کننده برنامه‌ها نوشته شده است.