در سال ۹۹ بر اساس حکم دیوان عدالت اداری مقرر شد تا بر اساس حقوق کارکنان مناطق آزاد مالیات از آن‌ها اخذ شود و این در حالی بود پیش از این کارکنان بنگاه‌های اقتصادی و واحدهای مشغول فعالیت در این محدوده‌ها معاف از مالیات بودند.
این حکم دیوان عدالت اداری، قوانین تصویب‌شده پیشین را نقض کرده درحالی‌که شورای عالی مالیاتی به‌عنوان بالاترین تصمیم‌گیرنده در این زمینه این حق را لغو نکرده است.
در همین راستا، الهام سخایی، مدیر هماهنگی امور نهادهای مالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی گفت: دو مزیت اصلی معافیت مالیاتی و گمرکی، مناطق آزاد تجاری - صنعتی و ویژه اقتصادی را برای فعالیت جذاب کرده است.
او بابیان اینکه هفت منطقه آزاد در مجاورت مرز کشور مشخص‌شده است، خاطرنشان کرد: این مناطق ضریب نسبی توسعه‌یافتگی را دارند و از مناطق کم برخوردار و درحال‌توسعه محسوب می‌شوند اما واحدهای تولیدی برای فعالیت، این مکان‌ها را به‌دوراز مرکز انتخاب می‌کنند و هزینه جابه‌جایی بیشتر را می‌پذیرند زیرا مشمول مزیت معافیت هستند
سخایی بابیان اینکه معافیت مالیاتی در دو دسته تقسیم‌بندی شده است، تصریح کرد: بر اساس قوانین، چگونگی اداره مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، شرکت‌های حقیقی و حقوقی در این محدوده‌ها به مدت ۲۰ سال از آغاز فعالیت از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی معاف شده‌اند.
او تأکید کرد: قوانین بالادستی این معافیت‌ها را به‌عنوان مشوق برای سرمایه‌گذاری در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی قرار داده است.
مدیر هماهنگی امور نهادهای مالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی بابیان اینکه در حال حاضر قانون یک‌ساله بودجه معافیت مالیاتی حذف‌شده است، خاطرنشان کرد: این تعیین درآمد مالیاتی از این محدوده‌ها با معافیت برای جذب فعالان اقتصادی تعارض دارد.
او بابیان اینکه در سال ۹۹ به دلیل شیوع ویروس کرونا جدا از مشکلات تولید، گردشگری نیز افت پیداکرده است، گفت: از سوی دیگر روندهای جدید قانونی ازجمله ثبت سفارش که پیش از این در مورد مناطق آزاد اجباری نداشت، همراه با محدودیت‌های ارزی، شرکت‌های فعال را با موانع بسیاری مواجه کرده است.
او افزود: با توجه به شرایط فعلی و مشکلات اقتصادی، حذف معافیت مالیاتی به‌ویژه برای حقوق کارکنان تأثیر چشمگیری بر ضریب اشتغال افزوده می‌شود زیرا اگر نیروی کار در شرایط سخت مناطق مشابه سرزمین اصلی مجبور به پرداخت مالیات باشد دیگر تفاوتی درآمد نخواهد داشت درنتیجه کاهش نیروی انسانی روند فعالیت در مناطق را با چالش‌های فراوانی مواجه خواهد کرد.
مدیر هماهنگی امور نهادهای مالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در خصوص مزیت معافیت‌های گمرکی در این محدوده‌ها، گفت: فعالیت اقتصادی در مناطق، پشت درهای گمرک انجام می‌شود و مشمول تشریفات گمرکی نمی‌شوند.
او افزود: درزمانی که تولیدات نیاز به ورود و خروج به سرزمین اصلی داشته باشند باید تشریفات گمرکی را طی کنند که این موضوع نیز یکی از مزیت‌های فعالیت در مناطق آزاد تجاری و ویژه اقتصادی محسوب می‌شود.
در سال ۱۳۶۸ براساس تبصره ۱۹ قانون برنامه اول توسعه به دولت اجازه داده شد که در سه‌نقطه مرزی کشور شامل کیش، قشم و چابهار اقدام به تأسیس منطقه آزاد تجاری کند و چگونگی اداره این مناطق در هفتم شهریورماه ۱۳۷۲ به تأیید مجلس شورای اسلامی رسید و در تاریخ ۲۱ شهریور ۱۳۷۲ مورد تأیید شورای نگهبان قرار گرفت.
ایران اکنون دارای مناطق آزاد تجاری-صنعتی کیش، قشم، چابهار، ارس، انزلی، اروند و ماکو است و دولت دوازدهم برنامه‌های ویژه‌ای را برای مناطق آزاد و ویژه در نظر گرفت که موجب جذب سرمایه‌گذاری‌های داخلی و خارجی شده است.
در طول دولت‌های یازدهم و دوازدهم ۴۵ میلیارد دلار واردات به این مناطق انجام شد و در بخش صادرات این رقم به ۱۳۲ میلیارد دلار رسید که با توجه به رقم ۳۷ میلیارد دلار صادرات به سرزمین اصلی، این میزان به ۱۶۹ میلیارد دلار در این مدت می‌رسد.
بر همین اساس ۴۰ درصد صادرات کل کشور متعلق به مناطق آزاد و ویژه اقتصادی است که نیمی از آن متعلق به آمار پتروشیمی می‌شود.