به دنبال پیگیری‌های کمیته حمایت از کسبوکار با تعیین انقضای مهلت ارسال فهرست معاملات فصلی به عنوان مبدا مهلت رسیدگی به جرائم مالیاتی، تعارض موجود بین دو مبدا زمانی برای محاسبه جرائم مالیاتی و مهلت مرور زمان رسیدگی و مطالبه آن جرائم (مربوط به عملکرد سال‌های 1390 لغایت1394 ) برطرف شد.
به موجب ماده 169 مکرر قانون مالیات‌های مستقیم مصوب 1380 کلیه اشخاص حقوقی و صاحبان مشاغل موظف بودند برای هر واحد شغلی یا برای هر محل، در نظام مالیاتی به صورت جداگانه ثبت نام، کد اقتصادی دریافت و برای انجام معاملات خود صورت حساب صادر و فهرست آن را به صورت فصلی تا یک ماه پس از پایان هر فصل به اداره امور مالیاتی ذی‌ربط ارسال کنند؛ در صورت عدم انجام این تکالیف، جریمه‌هایی برای آنان لحاظ می‌شد.
پس از اصلاح قانون مالیات‌های مستقیم در سال 1394، سازمان امور مالیاتی به منظور رسیدگی و مطالبه این‌گونه جرائم (مربوط به عملکرد سال‌های 1390 لغایت 1394)، بخشنامه‌ای را در 7 آذر 1396 صادر و در بند (1) آن مهلت مرور زمان رسیدگی را (5) سال از تاریخ انقضای مهلت تسلیم اظهارنامه مالیاتی سال مربوطه تعیین کرد که در نهایت این بند از بخشنامه سازمان امور مالیاتی توسط دیوان عدالت اداری در سال 1398 ابطال شد.
بنابر رای دیوان این بند مغایر با مهلت مقرر در ماده (157) قانون مالیات‌های مستقیم است.
پس از صدور این رای توسط دیوان، سازمان امور مالیاتی بخشنامه دیگری را در 19 فروردین 1399 صادر و به استناد ماده 157 قانون مالیات‌های مستقیم، تاریخ انقضای مهلت تسلیم اظهارنامه مالیاتی را به تاریخ سررسید پرداخت مالیات تغییر داد و این تاریخ را به عنوان مبدا زمانی مرور زمان برای رسیدگی و مطالبه جرائم مربوطه در نظر گرفت؛ اما مشکل اصلی این بود که مودیان مالیاتی می‌بایست فهرست معاملات خود را به صورت فصلی تا یک ماه پس از پایان هر فصل به اداره امور مالیاتی ذی‌ربط ارسال می‌کردند و در صورت عدم ارسال، این تاریخ به عنوان مبدا محاسبه جرائم در نظر گرفته می شد؛ ولی مهلت مرور زمان در رسیدگی، مطالبه و وصول این جرائم از سوی سازمان، تاریخ متفاوتی تعیین و 5 سال از تاریخ سررسید پرداخت مالیات سال مربوط اعلام شد!
بدین ترتیب از آنجایی که برای مبدا محاسبه جرائم و مبدا مرور زمان رسیدگی سازمان به آن جرائم، تاریخ‌های متفاوتی تعیین شد، تعارضی در تکالیف مودیان و عملکرد ادارات مالیاتی به وجود آمد و در عمل مرور زمان رسیدگی به جرائم در غالب موارد به بیش از پنج سال افزایش یافت. در صورتی که سازمان امور مالیاتی نباید دو مبدا متفاوت برای محاسبه جرائم و مرور زمان رسیدگی به آن جرائم در نظر می گرفت.
در این ارتباط بنابر اعتراض فعالان بخش خصوصی، موضوع در جلسات کمیته حمایت از کسبوکار در سال 1399 با حضور نمایندگان قوای سه‌گانه، سازمان امور مالیاتی و ذینفعان بخش خصوصی مورد بحث و بررسی قرار گرفت و اتفاق نظر بر این بود که رای دیوان عدالت اداری و بخشنامه سازمان امور مالیاتی در سال 1399، همان اجرای بخشنامه سال 1396 است که تنها جملات آن تغییر کرده است و با صدور رای دیوان امکان تفسیر وجود ندارد و ابهامات در خصوص مرور زمان رسیدگی و محاسبه این جرائم بیشتر شده است.
در ادامه پیگیری‌های مرتبط با این موضوع، دیوان عدالت اداری مجدد 6 شهریور 1400 بخشنامه فروردین سازمان امور مالیاتی را ابطال کرد تا سازمان مالیاتی را مکلف به اجرای قانون کند. بدین ترتیب سازمان با توجه به رای دیوان، طی بخشنامه‌ای در 11 مهر 1400 به ادارات امور مالیاتی اعلام کرد که «مرور زمان مالیاتی برای جرائم مقرر در مواد 169 مکرر و 169 قانون مالیات‌های مستقیم مصوب 1380 وفق مهلت ماده 157 ق.م.م، (5) سال از تاریخ انقضای مهلت ارسال یا ارائه فهرست معاملات خواهد بود.»
بدین ترتیب با اعلام انقضای مهلت ارسال فهرست معاملات فصلی به عنوان مبدا مهلت رسیدگی به جرائم مالیاتی، تعارض موجود بین دو مبدا زمانی برای محاسبه جرائم مالیاتی و مهلت مرور زمان رسیدگی و مطالبه آن جرائم (مربوط به عملکرد سال‌های 1390 لغایت1394) برطرف شد.