بخش قابل‌توجهی از مراکز جمعیتی، صنعتی و کشاورزی نیز در حوضه‌های آبریزی مستقر شده‌اند که دارای محدودیت آب هستند و عدم‌تعادل بین منابع و مصارف آب در آنها، روزبه‌روز در حال افزایش است. بر این اساس، تقاضا برای استفاده از آب در بخش‌های مختلف مصرف و رقابت برای کسب آب در بین بخش‌های شرب، کشاورزی، صنعت و محیط‌زیست و نیز بین استان‌ها و شهرستان‌ها مدام گسترش می‌یابد. با سیاست‌های نادرست توسعه کشاورزی و صنعتی در کشور، منابع آب زیرزمینی 609دشت کشور تخریب شده، اکثر رودخانه‌های ایران، اکنون بی‌آب هستند و تالاب‌های کشور نیز نابود گردیده‌اند. در کل می‌تواند نتیجه‌گیری کرد که منابع آب محدود ایران و محیط‌زیست آن در شرایط خوبی نیستند.
مدیریت منابع آب در کشورهایی نظیر ایران، یک پدیده پیچیده و چندوجهی شده است، چون تحت تأثیر عوامل مختلف و پویای اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی و سیاسی است. این عوامل در کنار رشد فزاینده جمعیت و توسعه مراکز جمعیتی، صنعتی و کشاورزی، افزایش تقاضا برای آب و محدودیت منابع آب شیرین، مدیریت بهینه منابع آب را در کشور با چالش‌های جدید و مهم روبه‌رو کرده است. منابع آب به‌عنوان یکی از عناصر کلیدی در توسعه اجتماعی و اقتصادی به‌شمار می‌آید و تقاضا برای آب و رقابت برای دسترسی به آن، از سوی بخش‌های مختلف مصرف، به‌طور فزاینده رو به افزایش است. اکنون، محدودیت منابع آب در ایران، به مسئله و چالشی جدی تبدیل شده و توسعه پایدار و محیط‌زیست کشور را تحت تأثیر خود قرار داده است.
علاوه بر مشکلات فوق، ساختار اجرایی مدیریت منابع آب نیز بر مبنای تقسیمات استانی و شهرستانی است و این تقسیمات بر مرز طبیعی حوضه‌های آبریز منطبق نیستند و استان‌ها و حتی شهرستان‌ها، در اغلب حوضه‌های آبریز فرعی و محدوده‌های مطالعاتی منافعی متضاد با هم دارند. این وضعیت، عدم‌یکپارچگی مدیریت منابع آب حوضه‌های آبریز کشور را تشدید کرده و باعث افزایش مناقشات و تنش‌های سیاسی و اجتماعی ناشی از رقابت بر سر مصرف آب و کسب سهم بیشتر از منابع آب حوضه، در بالادست و پایین‌دست حوضه‌های آبریز شده است.
با توجه به ارتباط هیدرولوژیکی منابع آب سطحی و زیرزمینی در بالادست، میانی و پایین‌دست حوضه آبریز و تأثیرپذیری از یکدیگر، افزایش رقابت بخش‌های شرب، صنعت و کشاورزی برای کسب سهم بیشتر از منابع آب و افزایش این مصارف در دهه‌های اخیر بدون توجه به اصل اقتصادی مزیت نسبی فعالیت‌ها، کم‌توجهی به زیست‌بوم‌های طبیعی انتهای حوضه‌های آبریز و نهایتاً کاهش پتانسیل منابع آب در اغلب حوضه‌های آبریز و محدوده‌های مطالعاتی کشور، باعث شده تا در سال‌های اخیر پیاده‌سازی و استقرار مدیریت به‌هم‌پیوسته منابع آب در حوضه‌های آبریز ضرورتی اجتناب‌ناپذیر باشد.
مدیریت به هم‌پیوسته منابع آب در حوضه‌های آبریز، مستلزم نگاه یکپارچه به کلیه مصرف‌کنندگان آب، اعم از شرب، صنعت، کشاورزی و محیط‌زیست، برقرار نمودن توازن بین منابع و مصارف آب، برقراری عدالت در برداشت آب در کل حوضه آبریز و توجه به اولویت‌های اجتماعی، سیاسی، اقتصادی و زیست‌محیطی عرضه و تقاضای آب است. رویکرد مدیریت به‌هم پیوسته منابع آب در حوضه‌های آبریز مبتنی بر مشارکت، تعامل و همکاری جمعی کلیه ذینفعان و دست‌اندرکاران منابع آب حوضه آبریز است.
با توسعه و گسترش تصمیم‌گیری و برنامه‌ریزی یکپارچه و مشارکتی برای مدیریت، بهره‌برداری و حفاظت از منابع آب در حوضه‌های آبریز مشترک بین استان‌ها و شهرستان‌ها و کاهش عادلانه و منطقی تعارض‌ها و منازعات، پیرامون منابع آب محدود در ایران، مشارکت ذینفعان و دست‌اندرکاران در فرایندهای تصمیم‌گیری، برنامه‌ریزی، بهره‌برداری و حفاظت از منابع آب مشترک با تأکید بر اصل توسعه پایدار و همدلی و همکاری آنها، می‌توان در مسیر توسعه پایدار مناطق مختلف کشور گام برداشت.
در چارچوب مشارکت جمعی و تعامل و همکاری‌های مشترک، هر برنامه توسعه‌ای بایستی در چارچوب ملاحظات و مقرراتی باشد که در قالب فرایند یادشده و با مشارکت کلیه ذینفعان و دست‌اندرکاران حوضه آبریز و مبتنی بر مدیریت به‌هم پیوسته منابع آب حوضه، سیاستگذاری شده باشد و پس از آن توسط نهادها و دستگاه‌های ذیربط اجرایی گردد.
لازم است خط‌مشی مشخصی در برداشت و مصرف آب در مواقع خشکسالی و کمبود آب در حوضه‌های آبریز و محدوده‌های مطالعاتی، برنامه‌ریزی شده و به مورد اجرا گذاشته شود. با توجه به ارتباط هیدرولوژیکی بالادست، میانی و پایین‌دست حوضه آبریز و تأثیرپذیری مستقیم و غیرمستقیم آنها از یکدیگر، محدود بودن بارش‌ها و ظرفیت پایین منابع آب در اغلب مناطق کشور، توزیع ناهمگون مراکز جمعیتی و صنعتی در سطح حوضه‌های آبریز و مصارف رو به رشد آنها، مصارف بی‌ضابطه کشاورزی و آبزی‌پروری و توسعه آنها در دهه‌های اخیر بدون توجه به اصل اقتصادی مزیت نسبی فعالیت‌ها، اِعمال مدیریت مستقل بر منابع آب زیرزمینی به‌صورت تفکیک‌شده از منابع آب سطحی و تمرکز اکثر واحدهای شهرستانی مدیریت منابع آب بر مسائل آب‌های زیرزمینی و کم‌توجهی به منابع آب سطحی اقتصاد آب ایران با چالش‌های جدی مواجه است همچنین با توجه به عدم‌وجود سند رسمی و قانونی برای آمایش سرزمین با رویکرد ملی، کم‌توجهی به زیست‌بوم‌های طبیعی انتهای حوضه‌های آبریز، افزایش آلودگی منابع آب سطحی و زیرزمینی، ذینفع بودن چندین استان و شهرستان در یک حوضه آبریز و محدوده مطالعاتی و رقابت آنها برای کسب سهم آب بیشتر از منابع آب حوضه‌های مشترک لزوم پیاده‌سازی مدیریت به‌هم‌پیوسته منابع آب در حوضه‌های آبریز ایران را آشکار ساخته و ضروری است مورد توجه سیاستگذاران و برنامه‌ریزان کلان در کشور قرار گیرد.