زمان شکل‌گیری و تاسیس شرکت‌های دولتی در اقتصاد ایران، به ابتدای دوره معنادارشدن اقتصاد ایران و آغاز کارکرد نظام اداری مدرن در سال‌های ابتدایی سده ۱۳۰۰ بازمی گردد. در این سال‌ها که زیربناهای اصلی اقتصاد و ساختارهای اساسی جامعه ساخته می‌شد، به دو دلیل ۱) عدم توانایی بخش خصوصی برای حضور در بسیاری از فعالیت‌های اقتصادی و ۲)ویژگی فعالیت موردنظر و عدم رغبت بخش خصوصی برای حضور در آن، دولت در اقتصاد دخالت و حضوری منحصربه‌فرد داشت و همین دلایل فلسفه اصلی و مبنای نظری راه‌اندازی شرکت‌های دولتی به‌عنوان ابزارهای مناسب دخالت دولت در اقتصاد بود. در دهه‌های اول و دوم قرن حاضر شرکت‌های دولتی در بخش‌های بانکداری، صنعت، راه آهن، انحصارات، بیمه و...تاسیس شدند.
با گسترده شدن دخالت‌های دولت در فعالیت‌های اقتصادی و افزایش تعدد و تنوع شرکت‌های دولتی و تاثیر آنها در اقتصاد کشور، در سال‌های پایانی دهه ۱۳۲۰ هنگام بررسی لایحه بودجه در مجلس شورای ملی، دولت مکلف شد که اطلاعات میزان دارایی‌ها، فعالیت‌ها و عملکرد شرکت‌های دولتی را به مجلس ارائه کند و از سال ۱۳۲۸ در قالب حکم روش رسیدگی و نظارت بر بودجه شرکت‌های دولتی، اطلاعات مالی (عملکرد و بودجه) اینگونه شرکت‌ها هنگام تقدیم لایحه بودجه کل کشور به مجلس ارائه می‌شد. در ادامه همین روند از سال ۱۳۴۴ به بعد نیز منابع و مصارف جاری و سرمایه‌ای شرکت‌های دولتی برای اطلاع مجلس قانون‌گذاری به انضمام لوایح بودجه تنظیم و تقدیم می‌شد. دلیل اصلی ارائه بودجه شرکت‌ها به‌صورت اطلاعی به مجلس، بررسی قابلیت اتکا و صحت ارقام سودسهام و مالیاتشرکت‌های دولتی که بخشی از درآمد دولت محسوب می‌شد و توجیه برآورد ارقام کمک زیان یا اعتبارات عمرانی(اعتبارات تملک دارایی‌های سرمایه‌ای) که از محل درآمدهای عمومی به شرکت‌های دولتی پرداخت می‌شود، بوده است و تنها مقادیر متغیرهای مالیات، سود سهام دولت،کمک زیان و اعتبارات عمرانی(تملک دارایی‌های سرمایه‌ای) از مجموعه بودجه شرکت‌های دولتی در سرجمع قانون بودجه ملحوظ و محاسبه می‌شد.
تا سال ۱۳۵۷ که تعداد شرکت‌های دولتی در اقتصاد ایران ۱۶۷ شرکت بود، سهامدار همه بنگاه‌های اقتصادی دولتی بلاواسطه دولت(موسوم به شرکت‌های دولتی نسل اول) و زمینه فعالیت و موضوع فعالیت اکثر آنها نیز منطبق با مبانی نظری، فلسفه و توجیه ماموریت‌ها و دخالت‌های دولت در اقتصاد بود. ولی پس از سال ۱۳۵۷، با ملی و مصادره شدن بسیاری از شرکت‌های بخش خصوصی و دولتی تلقی شدن آنهادر سال‌های بعد، تعداد شرکت‌های دولتی به شدت افزایش یافت و در دوره‌های بعد نیز باگسترش دخالت‌های دولت در اقتصاد، در بسیاری زمینه‌ها شرکت‌های دولتی ایجاد شدند.
سال ۱۳۶۶ از نظر تغییر ماهوی و تحول ساختاری در نظام بنگاهداری دولتی ایران، سال تعیین‌کننده‌ای است. با تصویب قانون جدید محاسبات عمومی و تصویب مفاد تبصره ۴۲ لایحه بودجه سال۱۳۶۷(که در نیمه دوم سال ۱۳۶۶تدوین شد) نظام حاکمیت شرکتی و مدیریت کلان شرکت‌های دولتی به شدت مضمحل و مختل شد و درادامه آن فروپاشی و اختلال، مفاد تبصره‌های ۲ قوانین بودجه سالانه که از سال ۱۳۶۸ به بعد برای نحوه اداره شرکت‌های دولتی هرساله به تصویب می‌رسید، نه تنها بودجه شرکت‌های دولتی به‌صورت اطلاعی تقدیم قانونگذار نشد و مطابق با آرایش مندرج در ماده یک قانون محاسبات عمومی به‌عنوان بخشی از بودجه کل کشور به تصویب قانونگذار می‌رسد، بلکه نحوه اداره بنگاه‌های اقتصادی دولتی هم به نحو چشمگیری از شیوه مدیریت حرفه‌ای فاصله گرفت و با اختلال مواجه شد. ازسال ۱۳۶۷تاکنون نظام تهیه، تنظیم، تصویب و اجرای بودجه شرکت‌های دولتی که متاثر از فلج بودن نظام حاکمیت و مدیریت این شرکت‌ها درسطوح خرد و کلان است، تبلور عدم کارآیی‌های موجود در سیاست‌گذاری بخش شرکت‌های دولتی در سطح کلان و عملکرد مدیریت داخلی شرکت‌ها در سطح خرد است.
برای شرکت‌های دولتی‌ای که مطابق فلسفه نظری و توجیه فنی قابل قبول (به‌عنوان ابزارهای مناسب برای ایفای نقش دولت در اقتصاد) ایجاد و با مدیریت حرفه‌ای اداره شده و تنها از نظر مالکیت با شرکت‌های خصوصی متفاوت باشند، سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی کارآ به مراتب امکان‌پذیرتر است، وضعیتی که در بخش شرکت‌های دولتی در اقتصاد ایران وجود ندارد. به دلیل آنکه توجیهات ایجاد و اداره شرکت‌های دولتی درایران نسبت به مبانی قابل قبول نظری دارای انحرافات تعیین‌کننده و معنادار است، در نظام‌های تصمیم‌سازی و تصمیم‌گیری کشور از یکسو نگاه‌های بدبینانه نسبت به حیات شرکت‌های دولتی وجود دارد(حیاط خلوت دولت) و از سوی دیگر هنگام سیاست‌گذاری، آنها را همانند وزارتخانه‌ها و سازمان‌های دولتی مدنظر قرار می‌دهند.
درهر ساختاری، نظام برنامه‌ریزی (بودجه‌ریزی) متاثر از نظام‌های مدیریت و نظارت است و برای شناخت و رفع مشکلات نظام مزبور نمی‌توان تنها روش‌های برنامه‌ریزی (بودجه‌ریزی) را بررسی کرد. در حال حاضر نظام بودجه شرکت‌های دولتی (متشکل از اهداف، روش‌ها و فرآیندها، قوانین و استانداردها) دارای مشکل است و محصول آن که سند بودجه شرکت‌های دولتی است به‌طور کامل بی‌فایده و بدون ضمانت اجرا و امکان تحلیل است. نظام بودجه‌ریزی شرکت‌های دولتی در ایران موارد زیر است:
۱- نظام حاکمیت و مدیریت شرکت‌های دولتی متفاوت از نظام‌های حاکمیت و مدیریت در سایر دستگاه‌های اجرایی دولتی است. از این رو محتوای نظام بودجه‌ریزی نیز در شرکت‌های دولتی متفاوت از دیگر دستگاه‌های اجرایی است. در حال حاضر طبق قانون، بودجه شرکت دولتی به‌عنوان قسمتی از بودجه کل کشور به تصویب قانونگذار می‌رسد در حالی که طبق ادبیات بنگاهداری و نظام حاکمیت شرکتی بودجه باید از سوی ارکان صلاحیت‌دار شرکت یعنی هیات مدیره یا حداکثر مجمع عمومی صاحبان سهامتصویب شود. وضعیت فعلی نه تنها تضادها و اختلالاتی را در مراحل برآورد و اجرای بودجه فراهم می‌کند، بلکه با اصل استقلال مالی و عملیاتی شرکت‌ها نیز مغایر است.این مشکل پس از تصویب قانون محاسبات مصوب سال ۱۳۶۶ به‌وجود آمده است.
۲- دستگاه‌های اجرایی دولتی (وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و...) که از محل منابع عمومی دولت تامین مالی می‌شوند، صرفا مراکز هزینه هستند ولی شرکت‌های دولتی مراکز کسب درآمد هستند و برای تحقق درآمد باید هزینه کنند. در بخش بودجه دستگاه‌های اجرایی که از محل درآمد عمومی تامین مالی می‌شود هیچ وابستگی میان درآمدها و هزینه‌ها وجود ندارد در حالی که در شرکت‌های دولتی برای تحقق درآمدها باید هزینه‌ها محقق شوند، این موضوع نقش تعیین‌کننده‌ای در برآورد بودجه و تصویب آن دارد. به‌عنوان مثال برای تدوین بودجه انقباضی وزارتخانه‌ها در بخش بودجه عمومی دولت از روش‌هایی برای کنترل هزینه‌ها استفاده می‌شود که در شرکت‌ها این اقدام به‌طور کامل قابلیت اجرا ندارد و کاهش هزینه منجر به کاهش درآمد هم می‌شود. بنابراین نه تنها روش برآورد بودجه در این دوگروه از دستگاه‌های اجرایی دولتی کاملا متفاوت است بلکه ماهیت و محتوای بودجه این دوگروه از دستگاه‌های اجرایی نیز متفاوت است و اصولا نمی‌توان بودجه آنها را در یک سند تجمیع کرد. از این رو رقم بودجه کل کشور به نحوی تحریف می‌شود که اگر تصمیم‌سازان و تصمیم‌گیران فعلی نظام بودجه کشور این تفاوت را به‌طور کامل و دقیق درک می‌کردند، بدون تردید مبانی حقوقی نظام بودجه کشور را اصلاح می‌کردند.
۳- ازمجموع سرفصل‌های منابع و مصارف شرکت‌های دولتی، تنها سرفصل‌هایی که به قسمت منابع بودجه عمومی دولت مرتبط می‌شود، سرفصل مالیات بر عملکرد و سرفصل سود سهام دولت در شرکت‌ها و تنها سرفصل‌هایی که از محل مصارف بودجه عمومی دولت به حساب منابع شرکت‌ها مرتبط می‌شود، سرفصل‌های اعتبارات هزینه‌ای(کمک زیان) و اعتبارات تملک دارایی‌های سرمایه‌ای است. تنها همین چهار سرفصل ارتباط بین بودجه شرکت‌ها با بودجه عمومی دولت را برقرار کرده و بر گردش منابع و مصارف عمومی دولت موثر است. در زمانی که بودجه شرکت‌های دولتی در اسناد بودجه صرفا جنبه اطلاعی داشت، ضمن اینکه نظام حاکمیت شرکتی در بنگاه‌های دولتی هنگام تدوین و تصویب بودجه محترم شناخته می‌شد، مجلس قانون‌گذاری نیز از اطلاعات بودجه شرکت‌های دولتی که خاصیت اطلاعی داشت، نسبت به قابلیت اتکا و صحت و سقم ارقام مربوط به چهار سرفصل مرتبط با درآمد عمومی اطمینان حاصل می‌کرد و چون ارقام بودجه شرکت‌های دولتی در بودجه کل کشور محاسبه(تجمیع) نمی‌شد، ارقام بودجه کل کشور به‌طور مصنوعی و اشتباه متورم نمی‌شد.
۴- متولیان تنظیم و تصویب بودجه شرکت‌های دولتی تمام توان و نیروی خود را در برآورد ارقامی به‌کار می‌گیرند که نه‌تنها واقعی نیستند، بلکه بی‌خاصیت و تحریف شده هم هستند. برآورد و تصویب جزئی‌ترین و تفصیلی‌ترین اقلام در بودجه در توان مجموعه نهادعالی برنامه‌ریزی و بودجه‌ریزی و مجلس قانون‌گذاری نیست و بسیاری از شرکت‌های دولتی، در مرحله اجرای بودجه، فعالیت‌های خود را به گونه‌ای متفاوت از برآوردهای ارائه‌شده و مصوب تنظیم می‌کنند. یکی از دلایلی که منجر به ایجاد چنین فرصت و ظرفیتی شده است تضاد و تناقض در مفاد قانون است که مرجع تصویب بودجه را مجلس شورای اسلامی و مرجع تصویب اصلاح بودجه را مجمع عمومی شرکت‌ها تعیین کرده است.
۵- رقم بودجه بخش شرکت‌های دولتی به دلیل احتساب مجموع ارقام بودجه شرکت‌های دولتی، متورم و موهوم است. به دلیل تعاملات مالی و اقتصادی که بین شرکت‌های دولتی اتفاق می‌افتد گردش منابع و مصارف شرکت‌ها با مشکل احتساب مضاعف روبه‌رو است. این وضعیت به دلیل ماهیت گردش منابع مالی، در بخش بودجه عمومی دولت وجود ندارد. در صورتی که ارزش پولی که برای تامین داده‌هایی که به بخش شرکت‌های دولتی وارد می‌شود از یک سو و ارزش پولی ستاده‌هایی که ازسوی دیگر از این بخش خارج می‌شود، درنظرگرفته شود، رقم واقعی کل بودجه بخش شرکت‌های دولتی به‌مراتب کاهش می‌یابد و در این صورت نسبت رقم کل بودجه شرکت‌های دولتی به رقم بودجه کل کشور حدود ۷۰درصد نمی‌شود و چون نظام ثبت و نگهداری حساب‌ها در بخش شرکت‌های دولتی، تعهدی و در بخش وزارتخانه‌ها و سازمان‌های دولتی، نقدی است، ماهیت ارقام در دو بخش مزبور از یک جنس نیستند و بنابر این قابل جمع کردن هم نیستند. بنابراین رقم حجم بودجه کل کشور در حال حاضر واقعی نیست و قابل اتکا نبوده و اشتباه است.
۶- به‌رغم تلاش صورت گرفته برای طبقه بندی سرفصل‌ها و محاسبات بودجه شرکت‌ها درقالب استانداردهای پذیرفته شده حسابداری، به دلیل تنوع فعالیت شرکت‌های دولتی و تفاوت سرفصل حساب‌های شرکت‌ها، امکان مقایسه کامل عملکرد شرکت‌ها با پیش‌بینی‌های انجام شده(بودجه مصوب) و بررسی دلایل انحراف عملکرد از بودجه به‌طور واقعی وجود ندارد. همین امر در کنار کوتاهی‌هایی که بازرس شرکت‌ها در مورد نظارت و قضاوت نسبت به انحراف عملکرد نسبت به بودجه انجام می‌دهد، بر بی‌خاصیتی بودجه شرکت‌ها دامن می‌زند.
۷- اشکالات بسیاری در نظام بنگاهداری دولتی وجود دارد که پیامدهای آنها بودجه‌ریزی در شرکت‌های دولتی را هم تحت تاثیر قرارداده است. در سال ۱۳۸۰ به منظور منطقی کردن نرخ مالیات بر عملکرد و اصلاح ساختار مالی شرکت‌های دولتی، از طریق اصلاح قانون مالیات‌ها، جداول نرخ‌های مالیات بر عملکرد شرکت‌ها تغییر و نرخ ثابت ۲۵ درصد به تصویب رسید. در سال پس از این اصلاح برای جبران کاهش ناشی از این اصلاح بر درآمدهای دولت، مقرر شد وجوه دیگری نیز ازمحل سود شرکت‌ها دریافت شود که عملا موجب بی‌خاصیتی اصلاح صورت گرفته در نرخ مالیات برعملکرد در مورد شرکت‌های دولتی شد. ازسوی دیگر طبق قانون دریافت این وجوه (مالیات برعملکرد و قسمتی دیگر از سود) در همان سال بودجه و قبل از پایان دوره مالی شرکت‌ها، به‌طور ماهانه از حساب شرکت‌ها برداشت می‌شود که کاملا مغایر با اصول بنگاهداری و مبانی علمی و فنی اخذ مالیات است.
به تبع ناکارآمدی در نظام بنگاهداری دولتی، نظام بودجه‌ریزی شرکت‌های دولتی هم غیرکارآ و بی‌خاصیت است. هیچ‌یک از متولیان تهیه و تنظیم، تصویب، اجرا و نظارت بر بودجه به تنهایی مقصر در پدیدآمدن این وضعیت نیستند. مشکل اساسی مربوط به محتوای نظام بنگاهداری دولتی و نهادهای تشکیل‌دهنده آن و محیط حاکم بر فعالیت شرکت‌های دولتی است که وضعیت انحصاری و غیررقابتی بازارهای کسب و کار، مفاد قانون و تلقی نامناسب از اهداف و سازمان شرکت‌های دولتی در دولت و مجلسقانونگذاری جزئی از آنها است. راهکار اصلاح این وضعیت بازنگری اساسی در شیوه نظام حاکمیت و مدیریت شرکت‌های دولتی و انجام اصلاحات لازم به گونه‌ای است که تفاوت شرکت دولتی با شرکت خصوصی تنها در دولتی یا خصوصی بودن مالکیت آنها بوده و شرکت‌های دولتی نه تنها از اولویت و استثنایی خارج از اصول حرفه‌ای بنگاهداری برخوردار نباشند، بلکه در صورت انجام تکلیفی که در راستای اهداف غیر اقتصادی و اجتماعی دولت بوده و منطبق بر صرفه و صلاح مالی و اقتصادی شرکت دولتی نباشد، از طریق روش‌های مناسب هزینه انجام آن تکلیف پرداخت و سلامت ساختار مالی شرکت دولتی حفظ شود. اصلاح قوانین حاکم بر نظام تهیه و تنظیم بودجه به گونه‌ای که بودجه شرکت‌ها توسط ارکان صلاحیت دار آنها به تصویب برسد و به‌صورت اطلاعی به مجلس شورای اسلامی تقدیم شود.
خوشبختانه طی سال‌های اخیر نمایندگان مجلس شورای اسلامی در مراحل تصویب بودجه بادرک نسبی تفاوت بودجه شرکت‌های دولتی با بخش‌های دیگر بودجه کل کشور، بررسی‌های خود را سازمان داده‌اند و از تصویب مواردی که به مشکلات شرکت‌های دولتی بیشتر دامن بزند، خودداری کرده‌اند ولی لازم است هرچه سریع‌تر اصلاحات لازم در مفاد قانون و درراستای اصلاح نظام بودجه‌ریزی به‌عمل آید. اصلاحات لازم باید کل فرآیند بودجه‌ریزی از مرحله تهیه و تنظیم تاتصویب، اجرا و نظارت را شامل شود.