توسعه فناوری و دانش، موتور حرکت و رشد اقتصادی و بالندگی کشورهاست؛ توسعه فناوری و اقتصاد مبتنی بر دانش «هدیه‌ای از بهشت» (Manna from Heaven) نیست و زمانی به وجود می‌آید که افراد در کوشش برای کسب منافع اجتماعی حاصل اندیشه‌های جدید به‌صورت سود، در پی اندیشه‌های جدید باشند؛ مانند: طراحی تلفن همراه، روش‌های تبدیل نفت به پلاستیک، داشتن پردازنده‌های کامپیوتری سریع‌تر یا تجهیزات پزشکی بهتر یا حتی تله‌موش.
ماهیت رقابت‌ناپذیربودن اندیشه‌ها و دانش ایجاب می‌کند تابع تولیدِ آن، تابعی با ویژگی بازده فزاینده به مقیاس باشد و این بدین مفهوم است که با توسعه عوامل تولید، محصول بیش از عوامل تولید افزایش می‌یابد. تحولات تاریخی رشد اقتصادی دنیا نشان می‌دهد این مهم میسر نشده، مگر تا زمانی که تحولات فناوری و دانش از زمان برقراری حقوق خردورزانه مالکیت در جوامع برقرار شده است. وجود حق ثبت اختراع و حق چاپ، مخترعان را قادر به کسب منافع برای جبران هزینه‌های اولیه توسعه اندیشه‌های جدید کرده و دوران رشد اقتصادی مبتنی بر دانش و فناوری را برای بشر رقم زده است. در این رابطه اهمیت موضوع از این جمله روشن می‌شود که اگر تاریخ ١٣٠هزار‌ساله سکونت بشر بر کره زمین را در یک روز خلاصه کنیم، عصر رشد جدید، فقط سه دقیقه پایانی را شامل می‌شود! در کنار وجود حق مالکیت معنوی یارانه‌های دولت‌ها نیز سبب افزایش سهم کار در تحقیق و توسعه شدند و نوعا افزایش رشد اقتصادی را در پی داشته‌اند و به انتقال اقتصاد‌ها به سطح بالاتر درآمد کمک کرده‌‌اند؛ اما با افزایش مالیات‌ها، بازار پژوهش و اندیشه راکد شده و افول ایجاد اندیشه‌های جدید و همچنین کاهش توانایی به‌کارگیری فناوری‌های جدید را در پی داشته؛ بنابراین سطح فناوری و دانش ثابت مانده و هیچ‌گونه رشد سرانه اقتصادی به وجود نخواهد آمد. این شرایط نظیر شرایطی است که در جهان قبل از انقلاب صنعتی غرب حاکم بوده است.
کمک سیاست‌های حمایتی برای محققان بر این امر دلالت دارد که بازده اجتماعی ایجاد دانش جدید، بالاتر از بازده فردی و خصوصی است و منافع کلی جامعه بسیار بیشتر از منافع فردی خواهد بود. این شکاف میان بازده فردی و اجتماعی به این مفهوم است که هنوز منافع گسترده‌ای در ایجاد سازوکارهای جدید برای تشویق محققان وجود دارد؛ بنابراین کشورهایی که با اصلاح سیاستی، توانایی اقتصاد را در انتقال فناوری و دانش از خارج و همچنین تولید دانش جدید خود افزایش می‌دهند، باعث افزایش سطح درآمد و رشد اقتصادی بیشتری می‌شوند.
حال سؤال این است که راه سودمند برای ساماندهی اندیشه‌ها در کشورها کدام است؟ اگر تحقیق و توسعه را راهی برای کسب دانش جدید و به‌کارگیری فناوری‌های نوین اقتصادی کشورهای توسعه‌یافته بدانیم، باید دید محدودیت‌های گسترش آن در کشور چیست؟ بخش عمده‌ای از این تفاوت‌ها در کشورهای مختلف از دیدگاه اقتصاددانان بنام و معتبر دنیا، در تفاوت در نهادها و سیاست‌های دولت است. یک دولت خوب نهادها و زیرساختی ایجاد می‌کند که مابه‌التفات منافع، منهای هزینه‌های فعالیت‌ها را بیشینه کند و به‌این‌ترتیب موجب تشویق سرمایه‌گذاری می‌شود. یکی از موضوعات مهم در کنار عوامل متعدد و مختلف، به‌عنوان مانع گسترش دانش و تحقیق و توسعه در کشورها اثر انحرافی سیاست‌های دولت بر این فعالیت‌ها از طریق دریافت مالیات است؛ در این زمینه بخشی از منافع حاصل از سرمایه‌گذاری و تلاش از محقق گرفته خواهد شد و بازدهی این فعالیت‌ها کم می‌شود و در ادامه اثر انحرافی دیگر آن تشویق محققان برای یافتن راه‌هایی برای اجتناب و گریز از این مالیات است. اینکه تا چه حد زیرساخت‌های یک اقتصاد در راستای تولید یا انحراف آنها از تولید و ایجاد دانش است، در وهله اول از سوی دولت‌ها مشخص می‌شود. دولت‌ها به تدوین و تنفیذ قوانینی می‌پردازند که چارچوب مبادلات اقتصادی را در اقتصاد مشخص می‌کند. مالیات‌بندی بر فعالیت‌های تحقیق و توسعه، یکی از انواع اختلال‌های مهمی است که باعث ایجاد انحراف در تخصیص منابع در اقتصاد می‌شود. قدرت قانون‌سازی و اجرای قوانین دولتی، قدرت مؤثری را برای ایجاد اختلال از سوی دولت در تحقق اقتصاد دانش‌بنیان به وجود می‌آورد؛ بنابراین لزوم وجود یک نظام مؤثر نظارتی برای ضرورت توازن قوانین شاخه‌های مختلف حاکمیت را بازگو می‌کند. با این توصیف نظری یکی از سیاست‌های مهم کلی اقتصاد کشور در چارچوب سیاست‌های اقتصاد مقاومتی، پیشتازی اقتصاد دانش‌بنیان، پیاده‌سازی و اجرای نقشه جامع علمی کشور و ساماندهی نظام ملی نوآوری به‌منظور ارتقای جایگاه جهانی کشور و افزایش سهم تولید و صادرات محصولات و خدمات دانش‌بنیان و دستیابی به رتبه اول اقتصاد دانش‌بنیان در منطقه است. حال باید دید توازن قوانین در تحقق این مهم بر هماهنگی در شاخه‌های مختلف حاکمیت دلالت دارد یا خیر و نظام مؤثر نظارتی برای تحقق این مهم وجود داشته یا خیر؟ یکی از این شاخه‌های حاکمیتی اقتصاد، قوانین مالیاتی کشور است؛ مجلس شورای اسلامی، قانون مالیاتهای مستقیم را در اواخر تیر سال ١٣٩٤ تصویب کرد؛ اما برای اجرای آن از ابتدای سال ١٣٩٥ به دولت اجازه داده شد. مطابق قانون اصلاحی جدید ماده ١٠٤، قانون قبل حذف شد؛ ماده ١٠٤ قانون مالیات مستقیم مورخ ٣/١٢/١٣٦٦ بیان می‌کرد: «وزارتخانه‌ها، مؤسسات دولتی، شهرداری‌ها، مؤسسات وابسته به دولت و شهرداری‌ها و کلیه اشخاص حقوقی اعم از انتفاعی و غیرانتفاعی و اشخاص موضوع بند (الف) ماده (٩٥) این قانون مکلف‌اند درمورد «مشاوره» و هر مورد... و به هر عنوان که وجهی را پرداخت می‌کنند پنج درصد آن را به‌عنوان علی‌الحساب مالیات مؤدی (دریافت‌کنندگان وجوه) کسر و ظرف ٣٠ روز به حساب تعیین‌شده از طرف سازمان امور مالیاتی کشور واریز و رسید آن را به مؤدی تسلیم کنند...»؛ مطابق با ماده فوق، کلیه اشخاص حقوقی موظف بودند پنج درصد از هر پرداختی را که انجام می‌دهند، در ٣٠ روز به حساب سازمان امور مالیاتی مطابق با این ماده واریز و رسید دریافت کنند که مبلغ مزبور به‌عنوان بخشی از مالیات پرداخت‌شده (دریافت‌کننده وجوه) محسوب می‌شده است.
به‌دنبال آن با توجه به تصویب قانون حداکثر استفاده از توان تولیدی و خدماتی در تأمین نیاز‌های کشور و تقویت آن در صادرات و اصلاح ماده ١٠٤ قانون مالیات مستقیم در تاریخ ١١/٥/١٣٩١ و اجرائی‌شدن قانون یادشده از ابتدای مهر ١٣٩١، ماده ١٠٤ قانون مالیاتهای مستقیم اصلاح شد. این ماده براساس مصوبه مجلس شورای اسلامی شماره ٢٦٠٦٠/٢٢ مورخ ١٦/٠٥/١٣٩١ به شرح زیر اصلاح شد: در ماده ١٠٤، قانون مالیاتهای مستقیم مصوب ٠٣/١٢/١٣٦٦و اصلاحات و الحاقات بعدی آن، عبارت «پنج درصد آن به‌عنوان علی‌الحساب مالیات مؤدی (دریافت‌کنندگان وجوه) «کسر و ظرف ٣٠ روز حذف و عبارت «سه درصد آن به‌عنوان علی‌الحساب مالیات مؤدی (دریافت‌کنندگان وجوه)» کسر و تا پایان ماه بعدی، جایگزین می‌شود، در قانون مالیاتهای مستقیم جدید این ماده حذف شده است و به‌جای آن مالیات بر امور تحقیق و توسعه و مشاوره، مطابق مواد ٨٤،٨٥ و ٨٦ و تبصره ذیل آن انجام می‌شود که به شرح زیر است:
ماده ۸۴ (اصلاحی ٣١/٤/١٣٩٤):
میزان معافیت مالیات بر درآمد سالانه مشمول مالیات حقوق از یک یا چند منبع، هرساله در قانون بودجه سنواتی مشخص می‌شود.
ماده ۸۵ (اصلاحی ٣١/٤/١٣٩٤):
نرخ مالیات بر درآمد حقوق کارکنان دولتی و غیر‌دولتی مازاد بر مبلغ مذکور در ماده (۸۴) این قانون و تا هفت برابر آن مشمول مالیات سالانه ١٠ درصد و نسبت به مازاد آن است.
ماده ۸۶ (اصلاحی ۳۱/۴/۱۳۹۴)
پرداخت‌کنندگان حقوق هنگام هر پرداخت یا تخصیص آن مکلف‌اند مالیات متعلق را طبق مقررات ماده (۸۵) این قانون محاسبه و کسر و تا پایان ماه بعد ضمن تسلیم فهرستی متضمن نام و نشانی دریافت‌کنندگان حقوق و میزان آن به اداره امور مالیاتی محل پرداخت و در ماه‌های بعد فقط تغییرات را صورت دهند. تبصره - پرداخت‌هایی که کارفرمایان به اشخاص حقیقی غیر از کارکنان خود که مشمول پرداخت کسورات بازنشستگی یا بیمه نیستند، با عنوان حق‌المشاوره، حق حضور در جلسات، حق‌التدریس، حق‌التحقیق و حق پژوهش پرداخت می‌کنند، بدون رعایت معافیت موضوع ماده (۸۴) این قانون مشمول مالیات مقطوع به نرخ ١٠ درصد است. کارفرمایان موظف‌اند در موقع پرداخت یا تخصیص، مالیات متعلقه را کسر و ظرف مدت تعیین‌شده در ماده (۸۶) این قانون با اعلام مشخصات دریافت‌کنندگان مطابق فرم نمونه اعلام‌شده توسط سازمان امور مالیاتی کشور به اداره امور مالیاتی پرداخت کنند و در صورت تخلف، مشمول پرداخت مالیات و جرائم متعلق خواهند بود.
با این اصلاح در قانون مالیاتهای مستقیم، عملا نرخ مالیات بر تحقیق و پژوهش از سه درصد به ١٠ درصد افزایش یافته است؛ اکنون سؤال مهم این است که قانون‌گذار و مجری، آیا توازن قوانین را در شاخه‌های مختلف حاکمیت دیده و چنین مصوبه‌ای را پیشنهاد یا تصویب و ابلاغ کرده است یا خیر؟ همان‌طور که بحث شد بند ٢ سیاست‌های کلی کشور در سیاست‌های اقتصاد مقاومتی، درباره پیشتازی اقتصاد دانش‌بنیان، پیاده‌سازی و اجرای نقشه جامع علمی کشور و ساماندهی نظام ملی نوآوری با هدف ارتقای جایگاه جهانی کشور و افزایش سهم تولید و صادرات محصولات و خدمات دانش‌بنیان و دستیابی به رتبه اول اقتصاد دانش‌بنیان در منطقه است؛ اگر هدف کلی اقتصاد، تحقق این سیاست مهم است، چرا هزینه تولید و به‌کارگیری، اندیشه، دانش و فناوری‌های روز دنیا از طریق دولت و مجلس باید در اقتصاد کشور افزایش پیدا کند؟ آیا این سیاست دولت انحراف از تولید و دوری از تحقق اقتصاد دانش‌بنیان قلمداد نمی‌شود؟ نهادها و سیاست‌های دولتی سازنده زیرساخت اقتصاد، تعیین‌کننده تخصیص منابع و سرمایه‌گذاری و بهره‌وری و در نتیجه تعیین‌کننده ثروت و دارایی کشور هستند؛ بنابراین می‌طلبد برای تحقق سیاست‌های بالادستی کشور، قانون مالیات مستقیم در زمینه تحقیق و توسعه، اصلاح و مطابق ماده ١٠٤ قانون مالیاتهای مستقیم قبل میزان مالیات بر تحقیق و توسعه از ١٠ درصد به سه درصد کاهش یابد و راه برای تحقق سیاست‌های پیشتازی اقتصاد دانش‌بنیان، پیاده‌سازی و اجرای نقشه جامع علمی کشور و ساماندهی نظام ملی نوآوری و افزایش سهم تولید و صادرات محصولات و خدمات دانش‌بنیان هموار شود.