بودجه سالانه نه‌تنها سند مالی دولت بوده و درآمدها و هزینه‌های سال پیش‌رو را برآورد می‌کند، بلکه وسیله سیاست‌گذاری کوتاه‌مدت دولت است. البته لفظ کوتاه‌مدت به مفهوم دوره یکساله آن است و در حقیقت بودجه‌ها بخشی از برنامه‌های بالادستی هستند و باید اهداف و برنامه‌های بلندمدت در آنها لحاظ شود. اگرچه قانون برنامه چهارم توسعه و برخی قوانین دیگر دولت‌ها را ملزم به تدوین و اجرای بودجه‌ریزی عملیاتی کرده است، اما در عمل نظام بودجه‌ریزی کشور افزایشی بوده و بودجه هر سال با درصدی افزایش نسبت به سال گذشته به تصویب می‌رسد. در واقع در بودجه‌های سالانه کشور نه تنها برنامه‌های بلندمدت در اسناد بالادستی دیده نشده است، بلکه به‌دلیل بی‌ثباتی شرایط سیاسی و بین‌المللی کشور، غالبا از اهداف پیش‌بینی شده بسیار فاصله دارند.
با اعمال تحریم‌های اقتصادی در اردیبهشت‌ماه ۱۳۹۷ و کاهش درآمدهای نفتی، انتظار می‌رفت در لایحه بودجه ۱۳۹۸ اصلاحات اساسی اتفاق بیفتد اما نه‌تنها این اتفاق نیفتاد، بلکه به‌دلیل غیرواقعی بودن ارقام پیش‌بینی‌شده در بودجه، دولت با کسری بودجه عملیاتی مواجه و در نتیجه مجبور شد قانون بودجه ۱۳۹۸ را اصلاح کند. همچنین پس از ارائه لایحه بودجه ۱۳۹۸ و تاکید رهبر انقلاب مبنی بر اصلاح ساختار بودجه‌ریزی کشور، سازمان برنامه و بودجه کشور گزارشی با عنوان «چارچوب اصلاحات ساختاری بودجه» در چهار محور اصلی «تقویت نهادی بودجه، هزینه‌کرد کارآ، درآمدزایی پایدار و ثبات‌سازی اقتصاد کلان و توسعه پایدار» تدوین کرد. اما آنچه از لایحه بودجه ۱۳۹۹ مشهود است، هیچ‌گونه اصلاح ساختاری در تدوین این لایحه صورت نگرفته است.از طرفی هر سال دولت و سازمان برنامه‌وبودجه برای تدوین لایحه بودجه، از نمایندگان بخش خصوصی دعوت کرده و در کمیته‌های تخصصی از نظرات بخش خصوصی استفاده می‌کند. اما امسال اولین سالی است که دولت بدون توجه به نظرات بخش خصوصی اقدام به تدوین لایحه بودجه کرده است. در ادامه برخی از ایرادات لایحه بودجه ۱۳۹۹ از منظر بخش خصوصی ارائه می‌شود.
اولین و شاید مهم‌ترین ایراد وارد شده به لایحه بودجه سال آتی که بر سایر اجزای بودجه نیز تاثیرگذار است، برآورد به‌شدت خوش‌بینانه درآمدهای نفتی، یعنی صادرات روزانه یک میلیون بشکه نفت و با قیمت ۵۰ دلار است. سال گذشته نیز پیش‌بینی غیرواقعی صادرات روزانه ۵/ ۱ میلیون بشکه نفت، منجر به کسری شدید بودجه دولت در سال جاری و در نتیجه اصلاح قانون بودجه شد. بنابراین باید در بودجه ۱۳۹۹ نیز این پیش‌بینی اصلاح شود، در غیر این صورت سال آینده نیز دولت با کسری بسیار مواجه شده و به اصلاح بودجه و برداشت از حساب ذخیره ارزی و... مجبور خواهد شد. بودجه شرکت‌های دولتی که حدود ۷۵ درصد بودجه عمومی کشور را شامل می‌شود، یکی از ایرادهایی است که به لایحه بودجه سال ۹۹ وارد است. این شرکت‌ها که مصداق تصدی‌گری و بنگاه‌داری دولت هستند، در یک دهه گذشته به‌طور متوسط حدود ۵/ ۷۱ درصد منابع بودجه را به خود اختصاص داده‌‌اند. متاسفانه بودجه شرکت‌های دولتی به‌دلیل زمان‌بر بودن توسط نمایندگان بررسی نمی‌شود. در نتیجه زیان‌ده یا سودده بودن شرکت‌های دولتی مشخص نمی‌شود. از آنجا که دولت موظف است در صورت کسری نقدینگی، به این شرکت‌ها کمک کند، بار مالی اضافی برای دولت ایجاد می‌کند. از سوی دیگر، مشخص نبودن زیان‌ده بودن این شرکت‌ها در بررسی لایحه بودجه، در واقع وصول بخشی از درآمدهای دولت، مالیات علی‌الحساب و مالیات بر عملکرد این شرکت‌ها را با تردید مواجه کرده است و کسری بودجه دولت را شدیدتر می‌کند. بنابراین تنها راه رهایی از این شرکت‌های زیان‌ده ناکارآمد واگذاری واقعی آنها به بخش خصوصی است.
درآمدهای مالیاتی با رشد ۲۵ درصدی، ۱/ ۳۶ درصد از درآمدهای عمومی (بدون احتساب مالیات بر واردات) لایحه بودجه سال ۹۹ را به خود اختصاص داده است. با توجه به تحریم‌های نفتی ایران و کاهش شدید درآمدهای ناشی از صادرات نفت، درآمدهای مالیاتی بسیار حائز اهمیت است. برای افزایش درآمدهای مالیاتی، گزینه‌های گسترش پایه‌های مالیاتی، جلوگیری از فرار مالیاتی، حذف معافیت‌ها و فشار به مودیان موجود پیش‌روی سیاست‌گذاران است. از آنجا که راحت‌ترین روش برای افزایش درآمدهای مالیاتی، فشار به مودیان موجود بوده و در اقدامی غیرمنتظره فعالیت‌های هنری از پرداخت مالیات معاف شد، بنابراین تنها گزینه دولت همان آسان‌ترین روش است. با توجه به شرایط رکودی حاکم بر جامعه این تصمیم بر رکود اقتصادی می‌افزاید.در لایحه بودجه ۹۹ پیش‌بینی شده است که حدود ۸۰۰ هزار میلیارد ریال از منابع دولت از محل فروش اوراق مالی تامین می‌شود؛ این در حالی است که این رقم در برنامه ششم توسعه ۵۰۰ هزار میلیارد ریال در نظر گرفته شده است. از آنجا که این اوراق به نسبت سایر بازارها جذابیت کمتری دارند، امکان بالا رفتن نرخ این اوراق وجود داشته و در نتیجه نرخ سود سپرده‌ها و هزینه تامین مالی بنگاه‌ها را افزایش می‌دهد. به‌علاوه فروش بدون برنامه‌ریزی و مدیریت این اوراق به حجم بدهی بلندمدت دولت افزوده و منجر به ناتوانی دولت در بازپرداخت این بدهی‌های انباشته خواهد شد.در «بند م» «تبصره ۵» لایحه بودجه ۹۹ آمده است: «بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران مجاز است با تصویب شورای پول و اعتبار بابت درصدی از سپرد‌ه‌های قانونی بانک‌ها و موسسات اعتباری، اوراق مالی اسلامی منتشره از سوی دولت را بپذیرد.» سپرده قانونی به‌منظور توانمندسازی بانک‌ها در شرایط ویژه و بحرانی نگهداری می‌شود و بنابراین این بند از قانون بودجه باعث کاهش کنترل بانک مرکزی و همچنین کاهش امنیت سپرده‌گذاران می‌شود؛ چراکه این اوراق قابلیت نقدشوندگی پایینی دارند. از سوی دیگر پذیرش سپرده قانونی به‌صورت اوراق اسلامی، منجر به رشد نقدینگی و تورم خواهد شد. پیشنهاد می‌شود با توجه به عواقب نامطلوب اقتصادی، این بند از لایحه بودجه به کلی حذف شود.
یکی از مواردی که همواره در بودجه‌های سنواتی دیده شده اما از کارآیی مناسب برخوردار نبوده است، تکمیل پروژه‌های نیمه تمام است. در لایحه بودجه ۹۹ از ۷۰۴ هزار میلیارد ریال اعتبارات تملک دارایی‌های سرمایه‌ای، ۱۰ درصد برای تشویق بخش خصوصی به‌صورت یارانه تسهیلات یا وجوه اداره شده در نظر گرفته شده است. اما همان‌گونه که گفته شد به‌دلیل اینکه بسیاری از این پروژه‌ها توجیه اقتصادی ندارند، اختصاص اعتبارات به این موضوع در بودجه، کارآیی لازم را نخواهد داشت.«بند ۱» «جزء ن» «تبصره ۶» که به استرداد مالیات و عوارض و همچنین نرخ صفر و معافیت‌های مالیاتی حاصل از صادرات می‌پردازد، یکی از مسائل صادرکنندگان است. در این بند استرداد مالیات و معافیت‌های آن به مقررات بانک مرکزی منوط شده است. با توجه به شرایط تحریمی کشور، باید اصلاحاتی در بخشنامه بانک مرکزی و در نتیجه لایحه بودجه ۹۹ اعمال شود. در بخشنامه بانک مرکزی درخصوص نحوه برگشت ارز حاصل از صادرات، «حداکثر زمان رفع تعهد ارزی هر پروانه سبز صادراتی، حداکثر چهار ماه از تاریخ کوتاژ (پروانه) صادراتی است...» این بخشنامه دغدغه بسیاری از صادرکنندگان است؛ چراکه با توجه به تحریم‌های بانکی، بازگشت ارز با مشکل مواجه است و مدت زمان تعیین شده، صادرکنندگان را دچار مشکل می‌کند. از طرفی عرضه ارز به سامانه نیما و با نرخ پایین‌تر از بازار و همچنین واردات در برابر صادرات به منظور رفع تعهد ارزی که از حیطه تخصص صادرکنندگان خارج است، اصلاحات مورد درخواست بخش خصوصی است.براساس قانون اجرای سیاست‌های کلی اصل ۴۴ قانون اساسی سازمان‌های توسعه‌ای مکلف شدند با شرکت‌های بخش خصوصی پروژه‌های مشترک اجرا کنند که تاکنون این امر محقق نشده است؛ بنابراین پیشنهاد می‌شود در بند «د» تبصره ۱۸ لایحه بودجه ۹۹ این امر به صراحت ذکر شود و دولت برای سرمایه‌گذاری سازمان‌های توسعه‌ای با مشارکت بخش خصوصی برنامه‌ریزی کند.