عمده مناطق ویژه اقتصادى فعال کشور، مصوب دهه هفتاد است. قانون چگونگی تشکیل و اداره مناطق ویژه در سال 1384 مصوب و ابلاغ شد. قریب یک دهه از زمان تصویب این مناطق، به نبود قانون و آیین نامه اجرایى قانون چگونگى تشکیل و اداره مناطق گذشت و بعد از ابلاغ آیین نامه اجرائی از سوى دولت در تاریخ 02/03/1386 ، چند سالى هم اجراى قوانین مصوب و آیین نامه اجرایى آن، با مقاومت و تفسیر به سلیقه دستگاه هاى اجرایى از قانون، معطل ماند.
در طول این مدت، یک فرصت طلایى از سازمان هاى مسئول مناطق براى جذب سرمایه‌گذار گرفته شد و شوربختانه فرصت‌های زیادی از دست رفت. موانع و مشکلات دیگرى چون طولانى شدن زمان تملک اراضى به همراه تغییرات اساسى در نحوه و قیمت واگذارى اراضى از سوى سازمان امور اراضى و مجلس شوراى اسلامى، با تصویب قانون حفظ کاربرى اراضى کشاورزى(قیمت واگذارى اراضى از قیمت منطقه بندى به قیمت کارشناسى تغییر یافت) مزید بر علت شد.
همین‌که مناطق ویژه در جنگ با این موانع، اندک توفیقى یافتند، تحریم‌هاى ظالمانه بین‌المللى بر اقتصاد کشور سایه افکند و در سال‌هاى اخیر پرواز قیمت ارز، بهانه اى شد براى ایجاد محدودیت ها و صدور بخشنامه‌هاى محدود کننده براى مناطق ویژه .
با وجودى که قیمت حامل‌هاى انرژى، از جمله بنزین و سایر هزینه‌ها به شدت افزایش یافت و دستمزد کارکنان بخش خصوصى در بعضى از سال‍ها، رشد قریب ٤٠ درصدى را به خود دید، دولت مانعى جدى بر سر راه افزایش تعرفه خدمات مناطق ویژه ایجاد کرد و فقط افزایش ٥ درصدى در هر سال را مجاز اعلام نمود. لذا رشد هزینه ارائه خدمات مناطق از جمله انباردارى، بر نرخ رشد درآمد پیشى گرفت و از این بابت نیز ضربه جبران‌ناپذیرى به مناطق وارد شد.
عدم توجه دستگاه‌ها و سازمان‌هاى خدمات‌رسان به تعهدات مصرح خود، در ماده ١٨ قانون چگونگى تشکیل و اداره مناطق ویژه، مبنى برتحویل خدمات آب و برق و گاز و تلفن در جلو درب مناطق ویژه و تحمیل این هزینه‌ها به سازمان هاى مسئول مناطق، یکى دیگر از موانع و مشکلات پیش روی مناطق است. دریافت عوارض از سوى شهردارىها در قالب مالیات بر ارزش افزوده، بدون ارائه کوچکترین خدمت به مناطق، از جمله موارد نادیده گرفتن ماده ٤ قانون چگونگى تشکیل و اداره مناطق ویژه است.
افزایش قیمت مصالح مورد نیاز براى اجراى زیرساخت‌ها موجب افزایش بسیار زیاد قیمت تمام شده اراضى قابل استحصال، براى واگذارى به سرمایه‌گذاران و صنعتگران شد، که قیمت تمام شده اراضی تقریباً با قیمت فروش آن در اغلب مناطق برابر و در مواردی بیشتر است.
تغییرات مداوم جایگاه مدیریت امور مناطق در چارت سازمانى کشورى، بین معاون ریاست جمهورى و مشاور رئیس جمهور و در نهایت، واگذارى مدیریت مناطق به وزارت امور اقتصادى و دارایى در برنامه ششم توسعه، یک نوع سردرگمى و بلاتکلیفى را براى دبیرخانه شوراى عالى مناطق و سازمان هاى مسئول مناطق ایجاد نمود.
یکى بودن مدیریت مناطق آزاد و ویژه اقتصادى، سبب شد تا زرق و برق مناطق آزاد، موجب بى توجهى به مناطق ویژه شود. نگاه سیاسى به مناطق ویژه و فشار نمایندگان مجلس، براى ایجاد منطقه ویژه در حوزه انتخابیه، باعث رشد قارچ گونه این مناطق شد. تکلیف تهیه طرح جامع و تطبیق اقدامات انجام شده با طرح تهیه شده، موضوعی بود که گرچه به عنوان یک ضرورت و نسخه ای مفید ، ولی با تأخیر انجام شد. با این وجود بعضی از مناطق ویژه اقتصادی کشور، نسبتاً موفق عمل نموده اند و صنایع قابل توجهی در این مناطق در حال فعالیتند که اشتغال مناسبی را هم به خود اختصاص داده اند.
براساس تجربه و اقدامات صورت گرفته در سنوات قبل در منطقه ویژه اقتصادى شیراز، پیشنهادهایی به دبیرخانه شوراى عالى مناطق و سازمان مسئول مناطق غیر دولتى براى کاهش اثرات پساکرونا بر مناطق ویژه اقتصادى کشور ارائه می‌شود:
ا- دبیرخانه شوراى عالى مناطق، در جهت حذف بخشنامه‌هاى محدود کننده، مانند بخشنامه ثبت سفارش، تلاش کند.
٢- گمرکات مستقر در مناطق ویژه اقتصادى، در این شرایط سیاست سهل‌گیرانه‌ترى را با واحدهاى صنعتى در پیش گیرد و در مواردى چون رفع تعهد ارزى، مساعدت بیشترى را اعمال نماید.
٣- کمیسیون ارزش افزوده، با سعه صدر بیشترى، گواهى تولید واحدهاى صنعتى را بررسى و براى جلوگیرى از تعطیلى آنان، درصد بیشترى براى معافیت مواد اولیه و قطعات خارجى به کار رفته در محصول اعمال نمایند.
٤- شهردارىها عوارض مستتر در مالیات بر ارزش افزوده را دریافت ننمایند.
٥- اداره دارایى وصول مالیات سالهای ٩٨ و ٩٩ واحدهاى صنعتى مستقر در مناطق و سازمان هاى مسئول مناطق را با تخفیف ویژه، با تأخیر و اقساط بلندمدت وصول نماید.
٦- سازمان‌هاى مسئول مناطق، براى بقا و کاهش تأثیر رکود اقتصادى ناشى از کرونا، با نظر مشاوران صاحب صلاحیت، به بازار بورس ورود کنند و بخشى از سودبازار بورس را جهت تأمین بخشى از هزینه هاى خود به دست آورند.
٧- سازمان‌هاى مسئول مناطق، براى کاهش ریسک و قرار ندادن همه تخم‌مرغ‌هاى خود در سبد درون دیوار مناطق، در بنگاه‌هاى اقتصادى محلى و ملى، با توجیه اقتصادی سهامدار شوند.
٨- سازمان‌هاى مناطق، به تشکیل تعاونى هاى مسکن و صندوق رفاه کارکنان خود اقدام و از طریق تخصیص درصدى از حقوق ماهیانه پرسنل خود و کمک سازمان مسئول در قالب وام به تقویت بنیه این تعاونى‌ها و صندوق‌ها کمک نمایند، تا در کنار حقوق ماهیانه، در آمد فعالیت این صندوق یا تعاونى، بتواند به تأمین معیشت همکاران مناطق کمک کند.
9- مشارکت در سهام واحد های صنعتی مستقر در مناطق، که دارای توجیه اقتصادی مناسبی هستند، از طریق تأمین سهم آورده مناطق با اختصاص زمین و زیرساخت‌ها (بدون نیاز به آورده نقدی).
10- ورود به بازار مسکن، در قالب قراردادهای مشارکتی توسط سازمان مسئول مناطق ویژه.