بزرگ‌ترین معضل در صنایع غذایی این است که این بخش متأسفانه متولی واحدی ندارد. یکی از معضلات اساسی ما در این حوزه این است که همه به صورت جزیره‌ای تصمیم‌گیری می‌کنند و در برخی موارد اهدافی متضاد به دیگران در نظر گرفته شده‌است. صنایع غذایی نمی‌تواند به این شکل اداره شود. امروز صنایع غذایی باید با وزارت صنعت، وزارت جهاد کشاورزی، وزارت بهداشت و سازمان ملی استاندارد سر و کار دارد و در بعضی موارد سازمان‌های دیگری نیز بر صنایع غذایی نظارت می‌کنند. این چندگانگی بسیار آزاردهنده است و باعث شده قوانین دست‌وپاگیر دولتی در بخش صنایع غذایی چند برابر شودو اجازه اوج گرفتن به بخش خصوصی ندهد. به علاوه در برخی موارد تصمیماتی گرفته می‌َشود که بخشی است، یعنی یک سازمان دولتی برای اینکه معضلات حوزه خودش را برطرف کند تصمیماتی می‌گیرد که صرفاً آن بخش را پوشش می‌دهد و برای دیگر بخش‌های زنجیره غذایی مشکلاتی را ایجاد می‌کند. نهایتاً ما گرفتار تصمیمات نابخردانه‌ای هستیم که در بخش دولت گرفته می‌َشود.
ما از طرف بخش خصوصی برای حل این مشکل سال‌هاست که پیشنهاد تشکیل سازمان غذا را داده‌ایم، باید یک سازمان واحد باشد که سیاست‌گذاری بهداشتی، تجاری و صنعتی بخش غذا را انجام بدهد. دولت باید پاسخگو باشد که چرا این پیشنهاد عملی نمی‌َشود. در دولت فعلی شرایط صنایع غذایی نسبت به دولت دهم نامناسب‌تر شده‌است؛ یعنی تصمیماتی گرفته می‌َشود که صنایع غذایی آسیب بیشتری می‌بیند. مثلاً به دلیل کسری بودجه‌های دولتی، یارانه‌هایی که از دیگر بخش‌های زنجیره غذا مثلاً بخش زراعت و بخش باغبانی باید پرداخت شود، دولت تلاش می‌کند این منابع را از طریق بخش‌نامه‌ها و آیین‌نامه‌های جدید از واحدهای صنایع تبدیلی دریافت کند و در دیگر بخش‌های زنجیره هزینه کند. هر چند این کار باعث رشد در برخی از بخش‌ها می‌َشود اما به تبع باعث خرابی در بخش صنایع غذایی و تبدیلی می‌شود.
به این ترتیب در صنایع غذایی بزرگ‌ترین معضل بخشی‌نگری است. مثلاً وزارت بهداشت اعتقاد دارد به محصولاتی که از کالاهایی مانند نمک، شکر و روغن تولید شده‌اند باید عوارض مضاعف تعلق بگیرد تا آن کالا کمتر مصرف شود. اما در عین دوگانگی، در ابتدای زنجیره وزارت جهاد کشاورزی درخواست می‌دهد که به همان کالاها ارز مبادلاتی تعلق بگیرد و مثلاً به شکر یارانه تولید تعلق بگیرد. این چندگانگی به طور طبیعی باعث سردرگمی بخش خصوصی می‌شود. یعنی هر کسی چند متر جلوی پای خودش را می‌بیند و بخشی نگاه می‌کند که آسیب بسیار جدی به شمار می‌آید.