اصلاح ماده ۵۴ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم که ۱۵ مرداد در مجلس شورای اسلامی به تصویب رسید، در جلسه ۲۲ مرداد شورای نگهبان موردبررسی قرار گرفته و با ۱۶ مورد ایراد از سوی این شورا مواجه شده است.
نخستین ایراد شورای نگهبان به این قانون، نبود تعریف خانه خالی در ماده‌واحده مذکور (اصلاحیه ماده ۵۴ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم) است.
ایراد بعدی شورای نگهبان به این موضوع اختصاص دارد که مبنای محاسبه خالی بودن خانه‌های مشمول دریافت مالیات، از چه تاریخی است؟
یکی دیگر از ابهاماتی که به این قانون گرفته شده، در خصوص معافیت یک‌ساله انبوه‌سازان از فروش یا اجاره واحدهای مسکونی ساخته شده است؛ به این معنا که اگر سازنده‌ای عذر موجه در عدم تکمیل ساخت‌وساز واحد مسکونی نوساز به مدت یک سال از زمان صدور پروانه ساخت داشت، آیا بازهم مشمول مالیات می‌شود یا خیر؟
همچنین شورای نگهبان، دو برابر بودن رقم مالیات اشخاص حقوقی خصوصی نسبت به اشخاص حقیقی خصوصی را مخالف بند ۹ اصل ۳ قانون اساسی دانسته است.
اصل ۳ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران
دولت جمهوری اسلامی ایران موظف است برای نیل به اهداف مذکور در اصل دوم، همه امکانات خود را برای امور زیر به کار برد:
۹. رفع تبعیضات ناروا و ایجاد امکانات عادلانه برای همه، در تمام زمینه‌های مادی و معنوی
از دیگر ایرادات شورای نگهبان به این مصوبه مجلس، خلاف موازین شرع بودن قید اطلاق (همه‌گیری) شمول مالیات بر خانه‌های خالی به همه دارندگان واحدهای مسکونی خالی است که بعضاً ممکن است به دلایل موجه، امکان به فروش رساندن یا اجاره دادن واحد مسکونی خالی خود را نداشته‌اند.
شورای نگهبان، اصل اخذ مالیات بر خانه‌های خالی را در شرایط عادی بازار خلاف موازین شرعی (اصل احترام به مالکیت خصوصی اشخاص) می‌داند؛ بنابراین قانون مذکور برای شرایط خاص است که بازار با کمبود واحد مسکونی مواجه شده و لذا این ایراد را به مصوبه مجلس وارد دانسته که قید «ضرورت» و دائمی نبودن این مصوبه می‌بایست در ماده‌واحده مذکور گنجانده شود.
همچنین وجود ایراد احتمال امنیتی بودن الزام همه شهروندان به درج اطلاعات خود در سامانه املاک و اسکان برای اشخاص با شرایط خاص و موارد دارای جهات امنیتی نیز در نامه شورای نگهبان به نمایندگان مجلس دیده می‌شود.
تشخیص وجود ایرادات دیگری چون عدم توجه به واحدهایی که به‌عنوان کاربری مسکونی شناخته می‌شوند ولی کاربری دیگری دارند یا اینکه آیا کلمه خانوار، خانواده‌های تک‌نفره را هم در بر می‌گیرد یا خیر؟، از سوی شورای نگهبان در مصوبه اصلاح قانون مالیات بر خانه‌های خالی دیده می‌شود.
شورای نگهبان در این نامه خواستار تعیین تکلیف واحدهای مسکونی که به‌عنوان موقت به زائران یا گردشگران داده می‌شود و به مالکیت یا اجاره شخص خاصی درنمی‌آیند، شده است.