بازیافت جزو صنایعی است که در دنیا به عنوان یکی از ارکان پیشبرنده اقتصاد شناخته می‌شود. بنابراین ظرفیت مهمی است که در صورت رقابتی بودن می‌تواند نقش موثری داشته باشد. این حوزه در بسیاری از کشورها از مالیات مستقیم معاف است؛ هرچند در ایران چنین معافیتی تا سال ۹۹ وجود نداشت.
به دنبال پیگیری‌هایی که صورت گرفت این معافیت طبق ماده ۵ قانون کمک به ساماندهی پسماندهای عادی با مشارکت بخش غیردولتی حاصل شد؛ بنابراین ماده قانونی «به منظور کمک به اجرای دقیق فرآیند اصولی مدیریت پسماند، مالیات مستقیم کلیه فعالیت‌های مرتبط با مدیریت اجرایی پسماند شامل تفکیک از مبدأ، جمع‌آوری، پردازش، بازیافت، تولید انرژی و دفع با نرخ صفر محاسبه می شود.»
بخش‌نامه اجرایی این قانون در اردیبهشت 99 برای ادارات مالیاتی کشور ابلاغ شد با این وجود تاکنون به درستی اجرا نشده است و بدین‌ترتیب همچنان این رشته فعالیت، توجیه اقتصادی پیدا نکرده و توان رقابت ندارد.
بدین‌ترتیب فعالان این صنعت ارائه توجیه‌های مختلف از سوی سازمان امورمالیاتی در راستای عدم اعمال معافیت‌ها را مورد انتقاد قرار دادند و خواستار اصلاح روند اجرا از سوی کمیته حمایت از کسبوکار شدند. در حال حاضر ۱۵۰۰ واحد در زنجیره بازیافت فعالیت می‌کنند و خواستار اعمال قانون‌اند.
باید توجه داشت که بخش خصوصی علاوه بر اجرایی نشدن حکم قانون به بهانه‌های مختلف و نگاه‌های سلیقه‌ای از تعدد مراجع مجوزدهی در صنعت بازیافت نیز گله دارد. به باور آنها این به‌هم‌ریختگی موجب شده ساماندهی صنعت و ایجاد زنجیره منسجم در صنعت بازیافت محقق نشود. به دنبال این انتقادها و پیگیری اتحادیه صنایع بازیافت ایران، ساماندهی مجوزدهی به صنعت بازیافت در دستورکار هیات مقررات‌زدایی قرار گرفت تا در راستای انتخاب یک متولی مشخص و ایجاد یکپارچگی در صنعت اقدام کند. این موضوع قرار است در نشست هفته آینده هیات مقررات‌زدایی نهایی شود.
فرشید شکرخدایی، رئیس کمیسیون توسعه پایدار، محیط زیست و آب اتاق ایران تمکین از قوانین را لازمه گسترش تعاملات و روابط بین ارکان مختلف کشور دانست و بی‌توجهی به قانون از سوی دولت را مجوزی برای اجرایی نشدن قانون توسط سایر نهادها و بخش خصوصی معنا کرد.
به دنبال اظهارات مطرح شده از سوی فعالان صنعت، نماینده سازمان امور مالیاتی با نگاهی به تعدد مراجع قانون‌گذاری در کشور، معتقد بود برای جلوگیری از بروز ابهامات و اجرای نادقیق قانون، ضرورت دارد نمایندگان اتاق ایران همراهی مطلوبی با سازمان مالیاتی داشته باشند و حتی در صورت نیاز به طور مصداقی موارد را پیگیری کنند تا به دلیل تسلط نداشتن ممیزها و کارشناسان مالیاتی به انواع فعالیت‌های صنعتی، شاهد اجرای نادرست قانون نباشیم.
بدین‌ترتیب مقرر شد برای حل ریشه‌ای موضوع، کمیته تخصصی ظرف یک هفته آینده با حضور نماینده سازمان مالیاتی، بخش خصوصی و دیگر نها‌دهای مرتبط برای رسیدن به شفافیت و رفع ابهاماتی که زمینه برداشت‌های سلیقه‌ای از قانون را فراهم کرده، تشکیل شود و پیش‌نویسی را تدوین کنند تا برای نهایی شدن در نشست اصلی کمیته مطرح شود.
در بخش دیگری از نشست کارگروه تخصصی کمیته حمایت از کسبوکار امتناع فروشنده از ارائه کدملی در روند معامله پسماندهای جمع‌آوری شده در صنعت بازیافت به عنوان یکی دیگر معضلات این صنعت مورد بررسی قرار گرفت.
این مشکل موجب شده فعالان حوزه بازیافت در ارائه اظهارنامه مالیاتی دچار مشکل و جریمه شوند چراکه فروشندگان پسماندهای جمع‌آوری شده که متولی آنها شهرداری‌ها هستند به هنگام معامله برای فرار از مالیات کدملی خود را ارائه نمی‌دهند و بیشتر آنها مجوز فعالیت هم ندارند از طرفی فعالان صنعت بازیافت برای ادامه فعالیت صنعتی خود مجبورند پسماندها را از همین افراد بخرند و حق انتخابی در این معامله ندارند.
با توجه به این شرایط پیشنهادهایی از سوی اتحادیه صنایع بازیافت ایران مطرح شد مبنی بر اینکه آنها با ارائه شماره حساب‌ها و وضعیت تراکنش‌ها به سازمان مالیاتی به کد ملی طرف معامله برسند و این‌گونه از نظر پرداخت مالیات دچار مشکل و جریمه نشوند.
هرچند این پیشنهاد از طرف نماینده سازمان مالیاتی مورد پذیرش قرار نگرفت چراکه معتقد بود هدف از اجرای قوانین مالیاتی ایجاد شفافیت است، بنابراین باید از معامله با افرادی که از ارائه اطلاعات خود و صورت‌حساب امتناع می‌کنند، خودداری کرد؛ بنابراین خواستار حل ریشه‌ای این مسئله شد به گونه‌ای که در کنار اجرای قانون بدون اینکه خدشه‌ای به روح آن وارد شود از فرار مالیاتی افراد جلوگیری شود.
در نهایت اعضای کارگروه به این نتیجه رسیدند که نشستی بین دبیرخانه کمیته حمایت از کسبوکار و دفتر مقابله با پولشویی سازمان امور امالیاتی با هدف پیدا کردن راهکار و سازوکاری مناسب، تشکیل شود.