نایب‌رئیس کمیسیون حقوقی و حمایت‌های قضایی و مقرراتی اتاق ایران نوشته است: با ارزیابی وظایف قوه قضائیه بر اساس اصل 156 قانون اساسی می‌توان مشاهده کرد که بسیاری از وظایف سازمان تعزیرات حکومتی که ماهیت قضایی دارند جزء وظایف ذاتی قوه قضائیه محسوب می‌شود که توسط قوه مجریه اجرا شده و این امر یکی از بارزترین موارد تداخل قوا در وظایف یکدیگر محسوب می‌شود.
به‌طورکلی می‌توان گفت هر سازمان از دو مؤلفه ساختار و محتوا تشکیل شده است. ساختار متشکل از اجزای به هم پیوسته است که برای رسیدن به هدف‌های تعریف شده برای سازمان در همکاری و تعامل با یکدیگر قرار دارند. محتوا نیز به اهداف، استراتژی‌های سازمان اطلاق می‌شود که ماهیت وجودی سازمان را تعریف می‌کنند. بدیهی است هرگونه تعارض در ساختار و محتوای سازمان می‌تواند بر اهداف و عملکرد آن تأثیرات منفی را بر جای گذارد.
ازجمله سازمان‌هایی که تعارض در ساختار سازمانی و اهداف و عملکرد آن مورد توجه قرار گرفته، سازمان تعزیرات حکومتی است. سازمان تعزیرات حکومتی مرجعی شبه قضایی است که در ذیل قوه مجریه قرار دارد و رئیس آن توسط وزیر دادگستری تعیین می‌شود. بر همین اساس سازمان تعزیرات حکومتی محتوایی قضایی و ساختاری اجرایی دارد.
در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مواد 113 تا 151 به وظایف قوه مجریه و مواد 156 تا 174 به وظایف قوه قضائیه اختصاص دارد. که این امر ضرورت و اهمیت تفکیک قوا و عدم تداخل وظایف آنها را در قانون اساسی نشان می‌دهد. بر همین اساس تعارضی ماهوی در سازمان تعزیرات حکومتی وجود دارد زیرا این سازمان با ماهیتی قضایی توسط قوهٔ مجریه سازمان‌دهی می‌شود که این امر تداخل در وظایف قوه مجریه و قضائیه را به همراه دارد.
مجمع تشخیص مصلحت نظام در تاریخ ۲۳ /۱۲ /۱۳۶۷ سازمان‌دهی سازمان تعزیرات حکومتی را به وزارت دادگستری که زیرمجموعه قوه مجریه است سپرده است. همچنین کلیه وظایف سازمان تعزیرات حکومتی اعم از بازرسی و نظارت و رسیدگی و صدور حکم و اجرای آن به دولت سپرده شده است.
بر اساس بندهای پنج‌گانه اصل 156 قانون اساسی وظایف قوه قضائیه مشخص شده که عبارت‌اند از:
۱- رسیدگی و صدور حکم در مورد تظلمات، تعدیات، شکایات، حل‌وفصل دعاوی و رفع خصومت‌ها و گرفتن تصمیم و انجام اقدام لازم در آن قسمت از امور حسبیه، که قانون معین می‌کند.
۲- احیای حقوق عامه و گسترش عدل و آزادی‌های مشروع
۳- نظارت بر حسن اجرای قوانین
۴- کشف جرم و تعقیب مجازات و تعزیر مجرمین و اجرای حدود و مقررات مدون جزایی اسلام
۵- اقدام مناسب برای پیشگیری از وقوع جرم و اصلاح مجرمین
با ارزیابی وظایف قوه قضائیه بر اساس اصل 156 قانون اساسی می‌توان مشاهده کرد که بسیاری از وظایف سازمان تعزیرات حکومتی که ماهیت قضایی دارند جزء وظایف ذاتی قوه قضائیه محسوب می‌شود که توسط قوه مجریه اجرا شده که این امر یکی از بارزترین موارد تداخل قوا در وظایف یکدیگر محسوب می‌شود و می‌تواند استقلال قوه قضائیه در برخورد با مفاسد اقتصادی را تحت‌الشعاع قرار دهد.
حال سؤال این است که چرا سازمانی که اساساً کارکردی قضایی دارد باید توسط قوه مجریه سازمان‌دهی شود؟ و همچنین چرا یکی از مهم‌ترین بازوان قوه قضائیه در برخورد با تخلفات اقتصادی باید زیر نظر قوه مجریه قرار گیرد؟ اساساً یکی از مهم‌ترین وظایف قوه قضائیه در هر کشوری کشف جرم و پیشگیری از وقوع جرم است که این امر در بند 4 و 5 اصل 156 قانون اساسی جمهوری اسلامی برای قوه قضائیه پیش‌بینی شده است.
بر همین اساس قوه قضائیه وظیفه رسیدگی به‌تمامی تخلفات و جرائم را بر عهده دارد که این امر مشمول قوه مجریه نیز می‌گردد اما سازمان تعزیرات حکومتی که بنا به ماهیت قضایی خود وظیفه کشف و پیشگیری از وقوع جرم و تخلف در حوزه‌های تعیین کننده‌ای همچون قاچاق کالا و ارز را بر عهده دارد به‌جای قوه قضائیه توسط قوه مجریه مدیریت می‌شود که این امر پیچیدگی در روند رسیدگی به جرائم و بستن دست قوه قضائیه در برخورد با متخلفان را به همراه داشته است.
با توجه به موارد ذکر شده اهمیت قرار گرفتن سازمان تعزیرات حکومتی در زیرمجموعه قوه قضائیه بیش‌ازپیش احساس می‌شود. زیرا این امر تأثیر تعیین کننده‌ای در حوزهٔ عمل قوه قضائیه در برخورد با تخلفات و مفاسد اقتصادی به همراه دارد و به موازی کاری و تداخل در وظایف قوا پایان می‌دهد.