بر اساس بررسی‌های این مرکز، بخش کشاورزی حدود 6.6 درصد تولید ناخالص داخلی ایران را به خود اختصاص می‌دهد و 17.7 درصد اشتغال و 5.9 درصد صادرات غیرنفتی کشور به این بخش مربوط می‌شود. همچنین بخش کشاورزی ایران تأمین‌کننده حدود 80 درصد مواد غذایی کشور و نیز 80 تا 90 درصد مواد اولیه صنایع وابسته به بخش کشاورزی را تأمین می‌کند.
از سوی دیگر ایران با داشتن استعداد بالقوه 37 میلیون هکتار از اراضی قابل‌کشت، 120 میلیون واحد دامی، 84.8 میلیون هکتار مراتع، 14.3 میلیون هکتار جنگل و منابع ژنتیکی غنی، حدود 242 میلیارد مترمکعب نزولات آسمانی و 104 میلیارد مترمکعب منابع آب‌های سطحی و زیرزمینی قابل‌دسترس، شرایط نسبتاً مساعدی برای توسعه هدفمند بخش کشاورزی دارد؛ اما این مزیت‌ها باید با تلفیق و هماهنگی‌های لازم و نیز ارتقای بهره‌وری از منابع به یکی از الگوهای توسعه جامع کشاورزی منجر شود.
در گزارش مرکز ملی مطالعات راهبردی کشاورزی و آب اتاق ایران ضمن برشمرد استعدادهای فراوان بخش کشاورزی در ایران، چالش‌های اساسی و تنگناهای پرشمار این بخش نیز به‌تفصیل مورد بررسی قرار گرفته است. ازجمله اینکه دگرگونی‌ها و تحولات موردنظر در ساختار اجتماعی–اقتصادی زمان‌بر و نیازمند وجود استراتژی بلندمدت، برنامه‌ریزی جامع و تلاش گسترده همه‌جانبه است؛ اما به‌طورمعمول دولت‌ها و دستگاه‌های اجرایی برای برطرف کردن شتابان نیازمندی‌ها و همچنین بحران‌های مربوط به آن، به تصمیم‌گیری‌های شتاب‌زده گرایش دارند و گاهی در جستجوی راه‌ها و روش‌هایی هستند که مسائل را زودتر و به‌طور روزمره حل‌وفصل کنند و این مسئله به‌خصوص در بخش کشاورزی مشهود است
همچنین در مواردی که راهبرد و برنامه‌ای نیز تعیین شده است اما در عمل در برنامه‌ها، بین اهداف تعیین شده با عملکرد برنامه‌ها تفاوت‌های زیادی وجود داشته و به‌جز سال‌های اندکی که رشد بخش کشاورزی به هدف تعیین شده رسیده است در بقیه سال‌ها همواره رشد بخش از رشد تعیین شده کمتر بوده است که نشان از عدم درک صحیح مسئولین و برنامه‌ریزان کشاورزی از این بخش دارد.
از سوی دیگر، بحث خودکفایی همواره در سیاست‌ها و برنامه‌ها تأکید شده است اما با نگاهی به تراز تجاری بخش کشاورزی و واردات محصولات اساسی کشاورزی مشخص می‌شود که در عمل چنین اتفاقی نیفتاده و کشور به واردات کالاهای اساسی وابسته‌تر شده است.
نکته مهم دیگری این است که اغلب برنامه‌های توسعه منفک از یکدیگر اجرا می‌شود به‌بیان‌دیگر ارتباط افقی و عمودی بین هدف‌ها و سیاست‌ها و نیز طرح‌ها و پروژه‌ها در حد لازم دیده نمی‌شود. به دلیل عدم وجود استراتژی و راهبردهای بلندمدت اقتصادی، اجتماعی و زیست‌محیطی، برنامه‌ریزی جامع توسعه کشور چه‌بسا توسعه بخش کشاورزی با ضرورت پیوند هماهنگ آن با محیط‌زیست در فرآیند صنعتی شدن و خدمات تحقق نمی‌پذیرد و گاه این مهم به فراموشی سپرده می‌شود، در این صورت لازم و ملزوم بودن بخش‌ها در مسیر توسعه اجتماعی–اقتصادی ناشناخته مانده و شرایط هماهنگ موردنیاز را برای بهینه‌سازی پیشرفت اجتماعی–اقتصادی فراهم نمی‌کند.
در مواردی که توسعه اجتماعی–اقتصادی پایدار کشاورزی، نیاز به نگرش کامل به اقلیم، اگرواکولوژی و منابع در کنار سیاست‌های امنیتی داخلی و خارجی کشور دارد، از سوئی چون توسعه همه‌جانبه و فعالیت‌های مترتب بر آن بر محیط‌زیست و انسان تأثیر می‌گذارد، ازاین‌رو ایجاب می‌کند که راهبردها و برنامه‌های توسعه کشاورزی در قالب طرح‌های جامع اقتصادی-اجتماعی پایدار دیده شود و اثرگذاری‌های متقابل فعالیت‌ها و پروژه‌ها بر یکدیگر و محیط و انسان از آغاز، موردتوجه قرار گیرد. در تدوین استراتژی توسعه کشاورزی باید چنین دیدگاه‌هایی مدنظر باشد.
متن کامل گزارش مرکز ملی مطالعات راهبردی کشاورزی و آب اتاق ایران با عنوان «چالش‌های بخش کشاورزی» را اینجا مشاهده کنید.