اثرات جانبی منفی بازار پول، حاکمیت سهامداران کلان، وابستگی بالا به حقوق صاحبان سهام، ریسک گریزی، آسیب‌پذیری و نقصان قانون‌گذاری، وابستگی به بازار پول و بانک‌ها، نابسامانی عملکرد و عدم شفافیت از مهم‌ترین چالش‌های شرکت‌های تأمین سرمایه هستند که بر اساس آسیب‌شناسی شکل‌گیری و عملکرد این شرکت‌ها در بازار سرمایه ایران، از سوی کمیسیون بازار پول و سرمایه اتاق ایران، شناسایی شده‌اند.